在当今,由于人们对高等教育的需求特别是优质高等教育的需求越来越大,而原有的公办高校又不能满足,在这一背景之下,一种依托优质教育资源但实行民办机制的新的教育组织形式——独立学院便应运而生。目前我国独立学院的发展非常迅速,由此说明了它具有较强生命力和适应性。但是由于其产权主体的多元化,不可避免的会引发各种产权纠纷,影响独立学院的健康发展和各主体及受教育者的正当权利。文章认为各投资主体享有终极所有权、重大决策权、收益权等,而独立学院享有法人财产权。产权和法人治理结构是相互关联的,明晰的产权关系是构建合理的法人治理结构的基础,而合理的法人治理结构能够就能确保各个产权主体的利益。文章认为独立学院的法人治理结构应主要包括决策制度、管理制度及制衡、约束与激励制度。本文就独立学院产权关系进行分析,并为独立学院构建合理的运行机制与管理体制提供理论依据。