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本研究参照GenBank中猪圆环病毒(Porcine Circovirus，PCV)基因序列，设计一对特异性引物，建立了PCV的PCR-RFLP鉴别诊断方法。利用该方法从四川部分猪场采集的断乳猪多系统衰弱综合征(PMWS)的病料11个、猪皮炎-肾炎综合症(PDNS)病料1个中检测到阳性病料7个，检测阳性率为58.3％，说明该病在四川普遍存在，并通过NcoⅠ酶切该片段成功鉴别出1个PCV-1和2个PCV-2阳性病料，并依次命名为PCV-1 SCHC株、PCV-2SCH A和PCV-2 SCH B株；并用此方法对猪源细胞进行PCV检测，在IBRS-2细胞中鉴别诊断出PCV-1，并命名为SCH D株。对2个PCV-2检测阳性病料，利用无PCV的PK-15细胞进行增殖培养，经电镜检测，表明只有PCV-2 SCHA株增殖成功。 参照GenBank中猪圆环病毒2型(PCV-2)的基因序列，设计一对PCV-2的ORF2特异性引物，从该室分离的PCV-2 SCHA株感染PK-15细胞中扩增出ORF2的基因(702bp)。将此片段克隆在PMD18-T载体中，筛选获得重组质粒PDM18-ORF2，并对插入片段进行测序分析，表明PCV-2的ORF2的克隆成功。PCV-2的ORF2的克隆成功，为进一步的基因表达、诊断和重组疫苗以及PCV-1和PCV-2基因改造奠定了基础。 通过多序列比对和遗传进化树分析，证实了PCV-2 SCH A株ORF2基因的变异范围。通过比对证实SCH A株的ORF2与中国HuNan株ORF2的同源性最高，可达到96％的核苷酸同源性，96％的氨基酸的同源性，进一步证实该序列为PCV-2 ORF2的基因。遗传进化树分析证实了PCV ORF2有两个不同的基因型存在：没有致病性的PCV-1 ORF2基因型和有致病性的PCV-2 ORF2基因型；在PCV-2 ORF2分支中，中国分离株之间ORF2变异较大，中国分离株的ORF2的亲缘关系较复杂。本文研究的数据说明尽管PCV-2 ORF2不同分离株之间基因型较稳定，但是不同的地域株之间有较大地变异，这种变异可能对PCV的诊断和研究有重要意义。通过SCH A株ORF2编码氨基酸的亲水性／疏水性分析，证实了ORF2的抗原表位的位置与Truong等证实的结果一致。