小黄鱼Larimichthys polyactis (Bleeker)和大黄鱼Larimichthys crocea(Richardson)隶属于鲈形目Perciformes、鲈亚目Percoidei、石首鱼科Sciaendae、黄鱼属Larimichthys。大黄鱼和小黄鱼为暖温性底层鱼类，二者都曾是我国有名的四大海产。小黄鱼主要分布在渤海、黄海和东海海域，大黄鱼主要分布在我国黄海南部、东海和南海海域。本研究综合运用传统形态学标记、耳石形态学标记和微卫星分子标记等分析方法，研究了小黄鱼的种群遗传结构及其遗传多样性现状，并对大、小黄鱼进行了种间差异探讨。利用传统形态学方法，对采自渤海、黄海和东海海域的9个不同地理群体小黄鱼的20个量度特征和8个分节特征进行了比较研究。分节特征方面与以往的分类学资料相一致，小黄鱼群体的各分节性状值分布范围大致相当，难以作为划分不同群体的依据；对量度特征的主成分分析、判别分析、单因子方差分析等结果显示各群体间存在显著差异。对耳石形态学的研究采用了形状指数和傅里叶分析两种方法。对8个形状指标和77个傅里叶谐值进行单因子方差分析、主成分分析和判别分析，结果显示中国近海小黄鱼各地理群体之间在耳石形态指标上存在一定的差异，但在不同海域之间没有形成明显分化。采用7对微卫星引物对10个小黄鱼地理群体进行分析。结果显示小黄鱼样本在7个微卫星位点的等位基因个数为12-47个，平均杂合度在0.60-0.74之间，小黄鱼群体在各位点的多态信息含量（PIC）在0.40-0.95之间，除了LYC0018为中度多态位点外，其余均为高度多态位点，表明小黄鱼遗传变异程度总体上处于一个较高的水平，遗传多样性较为丰富,具有较大的选择潜力。10个群体的分子方差分析（AMOVA）结果得到的Fst值仅为0.0049，由此可见，小黄鱼各群体间的遗传分化较微弱。两两群体相比较的Fst值范围在0.0010-0.0303，Fst值普遍较小。差异显著的Fst值主要集中在黄海北部群体与南黄海群体（DY与SYB）之间，以及南黄海群体与东海北部群体（QD与SYC、QD与NEA、SYB与SYC、SYB与NEA）之间。自由交配估计与AMOVA和两两Fst结果具有一致性。综合所有结果，小黄鱼各群体之间的遗传分化较微弱，黄海南部组群与黄海北部组群以及东海北部组群存在微弱但显著的遗传分化，而东海群体与渤海群体之间却不存在分化。基于传统形态学标记、耳石形态学标记和微卫星分子标记对大黄鱼和小黄鱼进行了种间比较。采用主成分分析、判别分析和聚类分析对采自南黄海的小黄鱼群体和福建漳州海域的大黄鱼群体形体特征进行了分析，大、小黄鱼间存在明显的差异。在分节特征上，差异最大的是脊椎骨数，大黄鱼脊椎骨数为26，小黄鱼为27-29。大黄鱼和小黄鱼的耳石存在着肉眼可见的形态差异。二者耳石均较厚，耳石近轴面呈长椭圆形，无基叶、翼叶、后基叶和侧基叶。大、小黄鱼耳石最大的差别主要集中在耳石的后端，大黄鱼耳石后端较尖，小黄鱼较为钝圆。小黄鱼耳石腹侧较光滑，而大黄鱼则具有一明显的凹陷。与小黄鱼耳石相比，大黄鱼的耳石更为细长。对基于形状指数法和傅里叶分析的各形状指标分别进行了主成分分析、判别分析和聚类分析，结果均显示利用耳石各形状指标可以较好的区分两种鱼。微卫星分析结果表明大、小黄鱼均具有较高的遗传多样性水平，种间遗传分化指数Fst值为0.08，且差异显著（P＜0.05）。根据遗传距离估算的大小黄鱼分化时间约为12.3万年，处于更新世晚期。