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本研究以美系、丹系和加系三个品系的大白猪为实验对象:(1)共测定201头三个品系大白猪个体的线粒体D-loop区核苷酸序列,结合从NCBI下载的227个来自中国、韩国、日本、俄罗斯以及印度尼西亚的野猪个体信息,分析三个品系间大白猪的遗传多态性及亲缘关系;(2)选取影响母猪产仔性状的三个候选基因雌激素受体(ESR)、促卵泡激素β亚基(FSHβ)和催乳素受体(PRLR),采用PCR扩增及直接测序法对ESR基因的3号、6号以及8号外显子区域、FSHβ基因的3号外显子区域、PRLR基因的10号外显子区域进行SNPs位点检测,并将检测到的SNPs位点与母猪产仔性状进行关联性分析,从而筛选出有利于提高母猪产仔性状的优势基因型。结果如下:(1)三个品系的大白猪亲缘关系研究结果:在201头大白猪D-loop区域中共检测到了34个多态位点,其中包括单一多态位点7个,简约信息位点27个,检测到19种单倍型,单倍型多样性为0.891±0.008,核苷酸多样性为0.01198±0.00034。系统发育分析表明三个品系大白猪间的种群分化情况不明显,初步发现大白猪与中国、日本、韩国、俄罗斯等亚洲东北部地区猪种的遗传距离更近。(2)ESR基因研究结果:发现了4个SNPs位点,分别是位于3号外显子内的g.C669T、6号外显子内的g.A1296G、8号外显子内的g.C1665T和g.A1755G。g.C1665T位点的TT基因型和g.A1755G位点的AA基因型能显著提高美系大白猪的初产总产仔数(P<0.05)。H5H8、H2H5、H5H5单倍型组合为产仔性状的优势组合。(3)FSHβ基因研究结果:发现了8个SNPs位点,均位于3号外显子内,分别为g.A511G、g.A617G、g.C630T、g.C652T、g.C678T、g.C735T、g.A746G、g.A921G。g.A511G位点的AA基因型、g.A617G位点的AA和AG基因型、g.C630T位点的CC和CT基因型、g.C652T位点的CT和TT基因型、g.C735T位点的CT和TT基因型、g.A746G位点的AA和AG基因型、g.A921G的AA和AG基因型、g.C678T位点的CT基因型均能显著提高不同品系大白猪的产仔数(P<0.05)。H2H8单倍型组合为产仔性状的优势组合。和g.C678T位点的CT基因型为有利基因型(4)PRLR基因研究结果:发现了9个SNPs位点,均为于10号外显子内,分别为:g.C260G、g.C362T、g.C527G、g.A540G、g.A584G、g.A673T、g.A745G、g.C765T、g.A934G。g.C362T位点的CC和CT基因型以及g.A584G位点的AG基因型能显著提高不同品系大白猪的产仔数(P<0.05)。g.C765T位点的CC基因型和g.A934G位点的AA基因型能极显著提高大白猪的产仔数(P<0.01)。H2H7和H4H4单倍型组合为产仔性状的优势组合。本研究分别挖掘了ESR、FSHβ、PRLR基因中存在的SNPs位点以及有利于提高母猪产仔性状的优势基因型,为筛选高繁殖性能母猪的分子标记提供参考,并为母猪的遗传选育及繁殖性能检测提供理论依据。