肿瘤相关K-ras基因热点突变检测方法及血游离DNA标本分析

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目的:利用高保真聚合酶介导的突变敏感性分子开关结合实时荧光定量PCR技术,建立对K-ras基因7个热点突变同时进行快速筛查的技术平台,采用多重PCR和单重PCR相结合,通过扩增曲线和熔解曲线判断7个热点突变的存在与否,并可以对突变进行半定量分析。检测K-ras基因相关突变的有无,可用于对肿瘤的发生进行预测,指导肠癌以及其他肿瘤患者的合理用药并对肿瘤进行预后分析。方法:将包括K-ras基因12,13号密码子在内的PCR产物克隆至PGEM-T载体,通过LB/Amp平板筛选阳性克隆,挑选菌落进行培养并提取质粒DNA。对质粒DNA进行PCR扩增初步确定阳性克隆并通过测序分析得到确证,获得K-ras基因野生型质粒模板。采用重叠延伸定点突变技术,得到了7种突变基因型PCR产物,将此7种PCR产物与PGEM-T载体相连接,再次转化E.coli JM109感受态细胞,筛选阳性克隆,测序鉴定得到K-ras基因7种热点突变的质粒模板。进一步设计与K-ras基因7个热点突变配对的3’末端硫化修饰正向引物,并在其下游设计一条公共反向引物,同时设计与野生型基因模板相配对的分子开关检测引物,分别构成特异性突变检测引物与特异性野生检测引物。对K-ras基因野生型质粒模板和7种突变型质粒模板,进行高保真DNA聚合酶介导的突变敏感性分子开关检测,结合荧光定量PCR技术对7对突变检测引物的检测特异性及敏感性进行分析并优化单重PCR及多重PCR的反应条件。采集正常人以及肿瘤患者的组织或血样标本,通过临床样本对检测方法进行评估,并对肿瘤样本进行k-ras基因7个热点突变的筛查。结果:在一定的反应条件及反应体系下,特异性野生检测引物与野生模板配对得以延伸;而与突变模板不配对则不能延伸。当特异性突变检测引物与突变模板配对,引物得以延伸;而与野生模板不配对则不能延伸。突变敏感性分子开关技术对20例正常人的基因组DNA以及1份含有200例正常人基因组的DNA池标本进行检测,特异性突变检测引物无一例有扩增产物,而特异性野生引物均有扩增产物,与测序结果一致,证实此“分子开关”技术的检测特异性高。突变敏感性分子开关对15例肺癌组织DNA标本进行筛查,5例经特异性突变检测引物扩增后有目的产物;从14例肿瘤患者血浆中提取的游离DNA样本,经特异性突变检测引物扩增后3例有目的产物,以上肿瘤标本的检测结果与测序结果一致。由此可以看出,突变敏感分子开关对体细胞突变的检测具有很好的特异性及敏感性。结论:高保真酶介导的突变敏感性分子开关可用于已知基因突变的检测,除可用于检测外周血白细胞DNA的遗传性突变外,还可以检测血中游离DNA中存在的微量体细胞基因突变。高保真DNA聚合酶偶联硫化修饰引物构成的突变敏感性分子开关能够快速筛查K-ras基因的7种突变,该技术在K-ras基因筛查中具有较大的潜在应用价值,对肿瘤的预警,指导用药以及预后分析具有重大的意义。
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