论文部分内容阅读
目的:通过生物信息学的数据挖掘及文献挖掘,筛选ARMC5基因突变参与原发性双侧肾上腺大结节增生(PBMAH)发病的下游关键分子,并在细胞学水平对其机制进行初步验证。方法:(1)选取GEO数据库芯片数据系列GSE4060和GSE25031为研究对象,将筛选的差异表达基因(DEGs)取交集获得共同DEGs构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,得到PBMAH关键模块基因。(2)通过cytoscape的agilent literature search插件,在pubmed中对PBMAH中ARMC5基因进行文献挖掘,得到ARMC5相关基因网络,并与PBMAH的关键模块基因关联,构建新的PPI网络,寻找ARMC5基因突变参与PBMAH发病的重要调控节点。(3)构建野生型ARMC5基因质粒(野生型组)、突变型ARMC5基因质粒(突变型组)及空质粒(空质粒组),转染肾上腺皮质癌H295R细胞系后,Annexin V-FITC/PI染色后流式细胞术检测各组细胞凋亡情况,分别采用RT-PCR和western blot检测ARMC5、p53、bax和bcl-2 mRNA及蛋白表达情况。结果:(1)成功筛选出共同DEGs 103个,其中呈上调趋势的DEGs为58个,下调的DEGs为45个,6个关键模块基因均呈上调趋势:NOP58、GNL3、GNL2、PAK1IP1、CEBPZ和DNTTIP2,生物学过程富集于核糖体生物合成。(2)文献挖掘显示PBMAH中ARMC5相关基因共27个;与PBMAH关键模块基因关联发现,TP53基因表达产物p53可能是PPI网络的关键调控节点。(3)流式细胞术结果显示,相较对照组,突变型组凋亡显著降低(p<0.05),而野生型组细胞凋亡率明显更高(p<0.05);RT-PCR及western blot结果显示,与空质粒组相比,突变型组ARMC5 mRNA水平明显降低、ARMC5蛋白不表达,p53和bax的mRNA及蛋白表达水平显著下调(p<0.01、p<0.05),bcl-2的mRNA及蛋白表达水平显著上调(p<0.01、p<0.05);而野生型组ARMC5、p53和bax的mRNA及蛋白表达水平均显著升高(p<0.01、p<0.05),bcl-2的mRNA及蛋白表达水平明显下降(p<0.05)。结论:(1)数据挖掘及文献挖掘提示ARMC5基因突变参与PBMAH发病的调控节点可能为p53;(2)本研究初步验证ARMC5基因突变可通过抑制p53表达从而下调bax、上调bcl-2水平,抑制细胞凋亡导致PBMAH发病。