21世纪以来，全球各地财务舞弊案件频发，其中国外的跨国公司如安然、世通、施乐、默克制药等丑闻以及国内的蓝田股份、中航油等造假事件都表明了内部控制方面的重大问题以及公司治理机制的不完善。2002年7月，美国国会通过了萨班斯法案，标志着内部控制进入了新阶段，强制披露成为主流。2006年《企业内部控制基本规范》以及2008年《配套指引》在我国发布。我国众多企业在管理上较为薄弱，缺少健全有效的公司治理框架，而公司治理是内部控制能够有效执行和作用得到发挥的关键因素。　　我国创业板自开设以来发展速度引人瞩目，总体经营业绩明显优于主板，但都显著地呈现出“一股独大”、两权分离程度低等现象。考虑到公司治理与内部控制是在创业板公司实现可持续发展的重要议题，本文选取2013年创业板355家公司作为研究对象，研究两者之间的关系：本文首先对公司治理和内部控制的基础理论和相关概念进行阐述和说明，并通过委托代理理论等来分析二者的相关性；实证部分主要根据公司治理中影响内部控制有效性的各种因素提出研究假设，将衡量股权结构、董事会监事会运作、激励机制的相关指标作为自变量，收集所有相关的实验数据，运用SPSS16.0和EXCEL2010对数据进行处理和分析，建立起logistic回归模型来研究公司治理结构对内部控制有效性产生的影响，并针对实证结果进行相关分析，最后由此提出相关的政策和建议。本文得出的结论如下：实际控制人性质、股权集中度、高管薪酬、核心技术人员持股比例与战略目标显著正相关；高管薪酬、核心技术人员持股比例与经营目标呈显著正相关；董事会会议次数与报告目标显著负相关，管理层持股比例与报告目标呈显著正相关关系；董事会会议次数与合规目标显著负相关关系；股权集中度、董事会会议次数对资产目标具有显著相关。　　本文的创新之处主要在于本文使用的创业板上市公司在国民经济及资本市场上及公司治理方面有着自身的独特之处，另外本文的两个创新变量即实际控制人性质以及技术人员股权激励及针对内部控制有效性分别设置的五个模型与以往研究有很大不同。