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目的:探讨肺结核患者与肺癌患者不同病理形态病灶区和正常肺区的微生物组基本特征。方法:选取2016—2017年间首都医科大学附属北京胸科医院共20例临床及病理确诊为肺结核患者和肺癌患者的福尔马林固定石蜡包埋的配对组织标本,通过显微切割技术分别获得FFPE组织的坏死区、肉芽肿区、鳞癌区、腺癌区和正常肺区。采用16S rRNA高通量测序的方法,检测其微生物组特征。结果:肺结核患者肺部切除样本在门水平上,主要有五个类群(相对丰度>1%):分别为 Proteobacteria、Actinobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes 和 TM7。坏死区,肉芽肿区和正常肺区之间微生物群落组成未见差异,但是Firmicutes在坏死区相对丰度显著高于肉芽肿区(Z=-2.100,P=0.036)和正常肺区(Z=-2.380,P=0.017),而TM7在正常肺区相对丰度显著高于坏死区(Z=-2.240,P=0.025)。在属水平上,主要有九个类群(相对丰度>1%):分别为Ochrobactrum、Sphingomonas、Corynebacterium、Brevibacterium、Brevundimonas、Hydrogenophilus、Enhydrobacter、Propionibacterium和Sphingobacterium。配对样品秩和检验结果表明Ohrobactrum在正常肺区相对丰度显著高于坏死区(Z=-2.380,P=0.017)和肉芽肿区(Z=-2.100,P=0.036),Sphingomonas在正常肺区相对丰度显著低于坏死区(Z=-2.521,P=0.012)和肉芽肿区(Z=-2.521,P=0.012),Enhydrobacter在坏死区相对丰度显著高于肉芽肿区(Z=-2.100,P=0.036)和正常肺区(Z=-2.380,P=0.017)。此外肺结核致病菌Mycobacterium相对丰度<1%,且在坏死区相对丰度显著高于肉芽肿区(Z=-2.366,P=0.018)和正常肺区(Z=-2.366,P=0.018)。肺癌患者肺部切除样本在门水平上,主要有九个类群(相对丰度>1%):分别为Proteobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Actinobacteria、Acdobacteria、Cyanbacteria、Verrucomicrobi、Planctomyces和TM7。病灶区和正常肺区的微生物群落组成未见差异。在属水平上,主要有十三个类群(相对丰度>1%):分别为 Ochrobactrum、Pseudomonas、Stenotrophomonas、Brevibacterium、Parabacteroides、Sphingobacterium、Lactobacillus、Corynebacterium、Acinetobacter、Natronomonas、Brevundimonas、Sphingomonas和Enhydrobacter。腺癌区与正常肺区(F=2.151,P=0.024),鳞癌区与正常肺区(F=3.012,P=0.023)的微生物组特征差异有统计学意义。配对样品秩和检验结果表明Pseudomonas在肿瘤病灶区相对丰度较高(Z=-2.197,P=0.028)。Enhydrobacter在肿瘤病灶区相对丰度较低(Z=-2.028,P=0.043)。此外,门水平上Proteobacteria、Firmicutes、Bacteroidetes、TM7,以及属水平上Sphingobacterium、Sphingomonas、Corynebacterium、Brevundimonas、Enhydrobacter在结核病灶区与肿瘤病灶区以及/或结核正常肺区与肿瘤正常肺区之间存在显著性差异(P<0.05)。结论:结核病患者和肺癌患者肺部不同区域的微生物群落组成在门水平上没有显著差异,但在属水平上,有一定差异,这些差异菌有助于进一步了解结核和肺癌的发病机制,但具体联系仍需进一步研究。此外发现了部分微生物在两种疾病间分布存在差异,需要更大样本量的进一步研究以确定其作用。本研究探索了肺结核患者和肺癌患者肺部坏死区、肉芽肿区、鳞癌区、腺癌区和正常肺的微生物群落组成特征和差异,为肺结核和肺癌的临床预防、诊断和治疗奠定了理论基础。