本文从高校规模扩大带来学校资金流量急剧增大,多渠道、多元化资金来源带来的资金风险加大,我国审计法规等主要原因对高校内部审计的影响出发,结合高等学校的实际情况和内部审计理论分析,提出了在加强高等学校财务核算和管理的同时,如何建立适合高等学校的内部审计制度,强化内部审计监督,实现对高等学校各项经济活动的有效控制,防范和化解内部财务风险,促进高等学校的廉政建设,是高等学校管理工作面临的重要课题。首先,对内部审计理论和内部控制制度进行了有效探讨。界定内部审计的概念、特征和职能,分析内部审计的现状,提出内部审计是独立监督和评价本单位及所属单位财政收支、财务收支、经济活动的真实、合法和效益的行为,以促进加强经济管理和实现经济目标的内部管理活动。内部审计具有服务内向性、相对独立性和审计范围广泛性的特征,对组织内部进行经济监督、经济评价和经济管理等职能。界定内部控制的概念,即组织内部为实现经营目标,保护资产安全完整,保证遵循国家法律法规,提高组织运营的效率及效果,而采取的各种政策和程序。包括控制环境、风险管理、控制活动、信息与沟通、监督等五个要素。内部审计部门是组织内部控制体系的重要组成部分,具有对其它业务事项进行独立控制和评价的职能。其次,介绍了美国伊利诺州立大学的内部审计制度。再次,分析我国高等学校内部审计状况,运行中存在的问题,当前教育审计面临的新形势、新要求,高校内部审计的必要性,加强高校内部审计工作的可行性,以及高校内部审计在内部控制中的作用。提出建立我国高等学校内部审计制度的总体思路,完善我国高等学校内部审计制度。然后,提出高等学校内部审计制度建设的对策及建议,进一步完善内部审计制度,建立健全内审机构;积极探索内审新技术技术,防范审计风险;进一步拓展内部审计业务范围;加强工程审计,提高投资效益;规范高校内部控制制度;完善高校经济责任审计。最后,针对高等学校的现状,结合实际情况,对高等学校内部审计制度作了综合论述,并对其结果进行了简单的评价。