2004年下半年，重庆市文物考古所两次对玉溪遗址进行了发掘，出土大量的石器、陶器以及动物骨骼。考古工作人员将T0403探方的东、北隔梁的土样分别按地层进行采集，并于2014年对这批土样进行浮选，获得丰富的动物骨骼和植物碳屑，浮选出的骨骼正是本文进行观察分析的对象。T0403探方共30个地层，其地层年代分别为玉溪下层文化→玉溪上层文化→玉溪坪文化→石地坝文化→商代晚期→唐宋时期→明清至近代→现代耕土层，浮选出的地层年代是新石器时代晚期到新石器时代中期的玉溪下层文化和玉溪上层文化。动物骨骼主要为小型动物，包括哺乳动物类、鱼类、爬行类、软体类几大类，其中哺乳动物类包括食肉目、食虫目和翼手目，鱼类包括鲤形目、鲶形目和鲿形目，软体动物柄眼目和古异齿目。另外还有蟹类，以及其它动物遗存（动物粪便、动物卵）等。本文研究的内容主要包括9个部分，第一章绪论主要讲中国鱼类考古和新石器时代小哺乳动物考古研究概况；第二章为玉溪遗址概况和已有的动物考古研究成果；第三章简要说明这批材料的来源与提取方法；第四章骨骼的观察与分析鉴定，对浮选出来的动物骨骼按种属逐一进行分析鉴定；第五章为动物骨骼表面痕迹分析；第六章玉溪遗址动物骨骼的研究认识，分析人类与玉溪遗址的动物共存关系；第七章为遗址的自然环境及经济生活，根据本次研究的动物种群，分析玉溪遗址古气候环境，以及古居民肉食资源，得出遗址古居民以渔猎经济为主主要经济形态的结论；第八章本次考古出土的新发现及意义，讨论裸唇重腹鱼、巨蜥、灰腹水鼩、绯鼠耳蝠、中华鼩猬等三峡地区考古工作中的新发现，这些新材料进一步丰富了三峡地区的古动物群体；第九章结语。这批骨骼囊括了水生动物、陆生动物和两栖动物，还原了历史时期玉溪遗址水、陆小型动物的种类结构，尤其是水生动物鱼类的群种结构，为研究历史时期玉溪遗址的鱼类生态环境提供重要的实物证据，并且为玉溪遗址先民渔猎经济的经济形态提供重要的研究证据，进一步补充了先民的肉食资源和种类。小哺乳动物的体型较小，一般不是人们的捕食对象，与先民的聚落或生活环境是相互共存的关系，也有可能在一定程度上依赖先民进行生存，因此对小哺乳动物的研究，可以探讨先民生活的聚落环境、气候环境以及生态环境，是人与自然和谐共存的重要材料来源。