证候实质研究是中医基础理论现代研究的重要组成部分，在40年艰难曲折的研究历程中，取得了一些成绩，也暴露出许多问题，使目前的研究面临诸多困惑，如何摆脱这种困境成为学术界持续关注的热点。 本文是从思路与方法上为寻求摆脱这种困境所做的探索，通过对目前证实质研究面临的重大问题的清理，结合对大家公认的较成功的经典案例——沈自尹先生领导的肾阳虚证实质研究的回顾与分析，重点考察了该研究在思路与方法上的特点及其对目前证实质研究中存在的重大问题的理解和所采取的解决办法，意在澄清目前研究在思路与方法上的诸多混乱与误区，指明今后研究中应注意的方面，以明确今后研究的主导方向。本文认为：证候实质研究必须突破“金指标”带来的困惑，破除证的“不可研究论”，走出“翻译论”、“证实论”误区，客观地估价40年的研究成绩，以更开放的心态，将证候实质研究推向深入。