在构建国家创新体系的过程中，高校的科技创新水平已经成为衡量一个国家科技创新水平的重要标志。但是长期以来由于制度创新的滞后，严重阻碍了科技创新主体的积极性、主动性和创造性，影响了科技创新成果的产出。因此为了增强高校的科技创新能力，提升高校的科技竞争力，更好地发挥高校在人才培养、科学研究和社会服务中的职能，制度创新就显得尤为重要和紧迫。本文根据和谐理论、创新理论和需要层次论，运用制度分析法、系统分析法、实证分析法和对比分析等方法，按照“提出问题—分析问题—解决问题”的基本思路，系统梳理了国内外相关文献的研究脉络，并进行了简短述评。在此基础上简要论证了制度创新与科技创新的辩证关系，集中探究了高校教育制度创新、管理制度创新、人事制度创新、文化制度创新及科技评价制度创新是如何推动科技创新，并且以我国高校为例，尝试性地分析了高校制度创新的哲学依据及实践模式。在对制度创新与科技创新互动关系系统研究的基础上，得出了制度创新的滞后是制约高校科技创新的根本原因，制度创新是科技创新的必要条件和保障，制度创新与科技创新相互联系、相互促进的结论。从而指出高校制度创新是推动科技创新，增强科技创新能力，增加科研成果产出的必然选择。