随着生物多样性状况的日益恶化和《生物多样性公约》等一系列国际条约的缔结，生物多样性保护受到越来越多的重视。在生物多样性保护的领域中，利益分享是一个新兴的重要课题。生物多样性保护缺乏有效的利益分享机制，发达国家与发展中国家的矛盾正是利益分享机制缺失的表现。发达国家与发展中国家的分歧在于发达国家主张生物多样性是全人类的共同遗产，任何人都有权利任意地自由取用，这些国家力图将这一主张写入《生物多样性公约》以使他们剽窃其他国家的生物多样性资源的行为合法化。发展中国家则认为生物多样性资源处于本国国内就是本国的资源，主权国家得对其主张自然资源永久主权。在生物多样性保护的问题上发达国家与发展中国家难以达成共识，并因此导致了生物多样性保护的困境。要有效地保护生物多样性，必然要求建立生物多样性保护利益分享的机制。“人类共同关切事项”理论、“土著人的环境权”理论、“代内公平与代际公平”理论和“共同但有差别责任”理论构成了生物多样性保护利益分享的理论依据，而《生物多样性公约》等与生物多样性保护相关的国际法律文件则构成了生物多样性保护利益分享的法律依据。本文对国际上现存的和学者构想的生物多样性利益分享的方式进行了介绍和评析，明确了生物多样性利益分享的实现方式不是单一的，而应当是几种方式的综合运用。通过对我国的生物多样性保护利益分享现状的分析，明确了生物多样性保护的利益分享是必然的趋势，我国应当以“义务与权利并重”、“积极参与国际合作”和“预先准备”为原则，尽快完善相关立法，在法律上对利益分享的主体、客体和方式做出明确的规定。