sRNA分子在溶藻弧菌黏附过程中的调控研究

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溶藻弧菌对鱼粘液的粘附能力是溶藻弧菌一个重要的毒力因子,粘附能力可能受到环境条件的影响,然而分子机制尚不清楚。本实验室的其他研究表明Cu,Pb,Hg和低pH的胁迫条件会降低溶藻弧菌的粘附能力。细菌非编码sRNA(sRNA)是近年来在细菌中发现的一类RNA调控因子,在细菌复杂的基因表达调控过程中起重要作用,从而影响细菌的致病性。为探究sRNA是否参与由Cu2+(50mg/L),Pb2+(100mg/L),Hg2+(50mg/L)和低pH(pH=5)的胁迫条件导致的溶藻弧菌粘附能力下降的相关基因调控,本研究利用高通量测序结合生物信息学技术分析胁迫组和对照组sRNA表达水平变化,并通过荧光定量PCR技术对测序结果进行验证。高通量测序总共得到976个sRNA,从Cu2+(50mg/L),Pb2+(100mg/L),Hg2+(50mg/L),低pH(pH=5)及对照组样品得到sRNA数分别为859,859,892,892和908,其中大部分sRNA长度为100-240nt。通过比较胁迫组与对照组sRNA的表达情况,发现:4个胁迫组相对于对照组上下调的所有1083个sRNA中,有32个sRNA在4个胁迫组表现出相同趋势的显著性变化,其中30个共上调,2个共下调。通过对测序结果中随机挑选的sRNA表达量进行QPCR实验验证,进一步证实了测序数据的可靠性。靶基因的GO功能分析结合COG分析结果显示,“细胞运动”,“化学刺激物的响应”,“定植”以及“细胞内运输,分泌和膜泡运输”,这些生物学过程和功能可能与胁迫因子引起的细菌粘附量下降有关。共调sRNA的靶基因预测结果及KEGG通路分析结果显示,在显著上调sRNA的靶基因中,IV型菌毛组装蛋白PilQ(K02666),IV型菌毛组装蛋白PilM(K02662),鞭毛动力开关蛋白FliM(K02416)、趋化蛋白MotB(K02557)和甲基受体趋化蛋白MCP(K03406)可能与细菌粘附有关,其对应的起主要调控作用的sRNA分别是:Candidate 103、Candidate 635、Candidate424、Candidate 283和Candidate 907,预测其自由能分别是-97.50,-83.00,-186.10,-86.65,-93.80 kcal/mol,说明这5个sRNA结构相对比较稳定。接着利用人工设计的sRNA Candidate 907、Candidate431、Candidate 103对细菌趋化通路中的相关基因CheR、CheB、CheV、Aer和MCP进行基因沉默实验,实验结果表明,Candidate 907、Candidate431和Candidate 103对上述靶基因的抑制效果仅限于6h内,超过6h,抑制作用会消失,但是抑制作用是明显的,能导致细菌粘附能力下降,说明细菌趋化通路与细菌粘附有密切的关系。这对未来更深入地进行与粘附相关的通路中sRNA的功能分析奠定了良好的基础。本研究结果表明sRNA参与了胁迫条件引起的溶藻弧菌粘附能力下降的基因调控。该论文初步探索了溶藻弧菌粘附过程中sRNA的功能,从而进一步丰富了对溶藻弧菌黏附机制的认识。
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