病毒宏基因组学是一种直接以环境中所有病毒的遗传物质为研究对象,可以快速地鉴定出环境中所有的病毒组成并通过病毒高通量测序得到病毒序列的一种新技术。目前病毒宏基因组学所具有的特点恰好能够在当前病毒性人兽共患病频频发生的情况下系统地对各个环境和各种中间宿主的己知病毒的变异和新发病毒的出现作以警示作用,而这些正是当下病毒研究所需要的技术。目前对宁夏地区猪病毒在中国猪群的流行资料较为匮乏。因此,本研究针对宁夏两个规模化猪场的断奶后仔猪进行高通量测序而后进行病毒宏基因组分析,并选取相对流行性调查较少但阳性检出率较高或感染人的病毒进行RT-PCR验证,用以掌握宁夏地区猪场病毒的流行本底情况,为我国猪几种病毒的流行情况研究提供重要的基础数据。研究结果显示:宁夏地区断奶仔猪样品高通量测序后得到的可以直接注释到病毒序列的读长(reads)数量占总reads数量的9.16%,注释到的病毒分属于30个已知的病毒科,包括双链DNA(dsDNA)病毒、双链RNA(dsRNA)病毒、单链DNA(ssDNA)以及单链RNA(ssRNA)。并且通过对病毒宏基因组reads进行拼接结果分析,发现测序得到的reads数与拼接结果的contigs数量不成正比。针对宁夏地区断奶仔猪中发现的萨佩罗病毒(Sapelovirus)、捷申病毒(Teschovirus)、星状病毒(Mamastrovirus)、凸隆病毒(Torovirus)和札幌病毒(Sapovirus)这5种病毒,设计了分别针对每一种病毒具有特异性的检测引物,并且通过RT-PCR试验得到了这5种病毒在宁夏两个集约化养猪场的阳性检出率。试验结果表明,这5种病毒均有检出,其中萨佩罗病毒总的阳性检出率为61.25%,捷申病毒总的阳性检出率为61.25%,星状病毒总的阳性检出率为21.25%,凸隆病毒总的阳性检出率为31.25%,札幌病毒总的阳性检出率为1.25%。本试验还将检测得到的病毒序列进行了亲缘关系比对,确定了这五种病毒与其它同种病毒的亲缘关系。本研究利用病毒宏基因组学技术分析了宁夏地区集约化猪场断奶仔猪携带病毒的情况,丰富了宁夏地区病毒的本底数据;并分析了萨佩罗病毒、捷申病毒、星状病毒、凸隆病毒和札幌病毒这5种病毒的遗传多样性及部分病毒的跨种传播的可能性。