当前,世界经济正在经历百年未有之大变局,中国的复兴和美国的衰落已成为一种无法阻挡的趋势。面对这一现状,以欧美为首的西方资本主义国家加大了对我国核心关键技术的封锁程度。面对“卡脖子”问题,只有不断增强我国自主研发与创新能力,掌握科技话语权,才能立于不败之地。十四五规划指出,优化区域内经济布局,要以农产品主产区、重点生态功能区以及能源资源富集区等功能承载区作为支撑,与动力源地区相结合共同打造高质量发展的动力系统。在我国经济转型升级的过程中,秦巴山脉区域只有不断提高自身科研创新能力,不断构建适合科技创新的制度,促进研发投入最大效率的转化为创新产出,才能助力区域经济发展。因此,本文从研发投入和制度两个维度出发,探讨两者对创新产出的影响机制。这对秦巴山脉区域产业转型,提高创新产出能力,具有一定的理论和实践价值。本文首先梳理了研发投入、制度资本和区域创新产出的相关理论,在前人研究成果的基础上提出本文的研究假说,并且据此进行了实证设计与分析。本文以秦巴山脉沿线31个地级市为具体研究对象,从研发投入、制度资本两个角度对以下几个方面进行研究:一是借助三阶段数据包络分析方法（DEA模型）详细地测算了秦巴山脉各地级市2012-2019年的区域研发投入对创新产出的效率值;二是详细讨论了制度资本对创新产出的影响;三是拓展性地分析了制度资本对创新产出的影响研究,一方面对五个省份进行异质性分析,另一方面,将创新效率值以平均值为界分为高、低效率地区,探讨不同效率地区中制度资本对创新产出的影响。通过秦巴山脉区域31个地级市2012-2019年的面板数据实证分析了研发投入、制度资本对创新产出的影响机制。结果表明:秦巴山脉地区的研发投入、制度资本在不同程度上对创新产出有较大的影响;其中,2019年研发投入对创新产出的效率在大多数城市为规模报酬递减阶段;区域内的正式制度资本对创新产出具有负向抑制作用,而非正式制度资本对创新产出具有正向的促进效应。在拓展性分析中,一方面发现制度资本对不同省份的影响不同。就正式制度资本而言,四川省、陕西省以及河南省的正式制度资本对创新产出具有正向促进作用;而甘肃省、湖北省的正式制度资本对创新产出具有负向抑制作用。就非正式制度资本而言,陕西省、湖北省以及河南省外商直接投资金额的增加促进创新成果的产出;而四川省、甘肃省创新产出会随着外商直接投资金额的增加而减少。四川省、陕西省以及湖北省中非公有制经济对创新产出具有正向的促进作用;河南省、甘肃省的非公有制经济对创新产出具有负向抑制作用。另一方面,无论是正式制度资本还是非正式制度资本,创新低效率地区的回归系数均高于高效率地区。也就是说,制度资本在低效率地区会有更大的促进作用,而在高效率地区促进作用相对较弱。最后,为防止数据之间存在内生性问题,本文在利用工具变量检验法进行分析后得出,实证结论仍然成立。根据研究结论,为不断提高秦巴山脉区域的创新产出,实现区域内经济高质量发展,本文从完善区域正式制度、产业集群化、品牌建设等方面提出一系列建议。