当今世界科技发展迅速，新的科学发展、新的技术突破及重大集成创新的不断涌现，科技成果产业化速度越来越快。科学技术在经济社会发展、人类文明进程中发挥了愈加明显的基础性和带动性作用，我国的科技事业也进入了快速发展阶段：各经济发达国家经济发展的实践表明，创新，尤其是自主创新是各国经济发展的重要因素，近年来，自主创新也已经成为我国时代的鲜明主题。 影响一国自主创新的影响因素是多方面的，本文主要从政府宏观科技管理机制的角度来探讨。宏观科技管理机制是指为有效地实现科技工作既定目标和任务而建立起来的一套领导决策、管理、保证、回馈、监督等活动的组织机制和工作制度体系。我国国家第十一个五年国民经济发展规划建议已经明确提出了我国宏观科技管理的方向：“建立以企业为主体、市场为导向、产学研相结合的技术创新体系，形成自主创新的基本体制架构。”这不仅是市场体制的需要，也被各国的实践证明是最有效率的。现今阶段我国的宏观科技管理与现阶段经济、科技发展总体需求，还存在诸多不相适应之处。 提高自主创新能力，转换宏观科技管理机制是一项系统工程。国家在宏观科技管理方面的基本职能就是搭建鼓励创新的机制和平台，在基础研究领域通过建构良好的科研院所体制，保障科研人员的学术自由；在技术开发领域保护知识产权，激励企业的技术创新。至于具体的科研与开发项目，则可以让大学、企业、自主的研发机构自行决定，而政府应该寻求更为灵活的公共科研经费分配机制，强化其专业色彩和社会色彩。 论文重点分析了基于自主创新的宏观科技管理要素、宏观科技管理职能以及探讨了基于自主创新的宏观科技管理机制，以江苏省作为案例分析，研究江苏省自主创新和宏观科技管理机制的现状和问题，指出基于自主创新的江苏宏观科技管理机制的优化取向。结合我国宏观科技管理机制的现状、问题以及国际比较和案例分析，对进一步完善科技宏观管理体制、机制所需解决的主要问题及调整重点，分别从加强要素投入、完善职能、完善管理机制方面提出了若干思考意见。总体而言，我们要把加强宏观管理摆在科技工作的显著位置，立足当前，着眼长远，研究制定科技发展战略和政策，加强统筹协调，完善宏观科技管理机制。