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异常汉逊酵母具有高产乙酸乙酯的能力,且在较高温度的下具有较强的发酵力和酯化力,是酿造工业中的主要生香来源,同时也是常用的外源基因表达载体,用于离子注入介导的转基因研究。本研究使用PacBio三代测序技术对离子束重组异常汉逊酵母菌Ar_Han0458及其原始菌株As2340进行了基因组de novo测序,应用生物信息学方法,从基因组结构与组分、基因功能、系统进化等方面开展了低能离子注入前后的异常汉逊酵母菌基因组学的研究。基因组de novo测序结果表明,低能离子注入前,异常汉逊酵母菌As2340的基因组大小为13,760,069bp,Contig N50长度为1,883,332bp,GC含量为34.53%;检测到总长为238,164bp的1,897条串联重复序列,散在重复序列108,253bp,重复序列长度占基因组的2.46%;预测到了932个非编码RNA基因;在预测的6,664个编码基因中,98.62%具有同源蛋白基因,其基因完整性达到91.7%;注释到KOG、KEGG和GO数据库的蛋白编码基因分别为4,391个、2,119个和3,580个,富集获得了3,937种GO功能(GO Term)。通过对低能离子注入后获得的离子束重组异常汉逊酵母菌Ar_Han0458的基因组de novo的测序结果进行分析,结果表明其基因组大小为13,646,815bp,Contig N50长度为1,346,975bp,分别比原始菌株减少了113,254bp和536,357bp,而GC含量与原始菌株相同。在重组菌株Ar_Han0458的基因组中检测到总长为227,825bp的1,874条串联重复序列,散在重复序列107,439bp,重复序列长度占其基因组的2.52%;预测到的非编码RNA基因和编码基因分别比原始菌株减少了25个和38个,GO功能缺失了44个。应用比较基因组学分析方法,以原始菌株As2340的基因组为参考基因组,对离子束重组菌株Ar_Han0458进行变异分析,结果表明,基因组发生SNP的碱基数目占基因组的0.15%,其中发生在基因中的SNP占比为34.50%;有17,779个位点发生了碱基插入或缺失,基因中InDel数目为5,997个,占全基因组的33.69%。离子束重组异常汉逊酵母菌Ar_Han0458及其原始菌株As2340与其它7种酵母菌进行基因家族聚类分析的结果表明,9株酵母菌共聚类成7,588个基因家族,使用其中的1,789个单拷贝同源基因构建系统发育树,结果显示,与异常汉逊酵母菌亲缘关系最近的是异常威克汉姆酵母,最远的是粟酒裂殖酵母。本研究结果进一步加深了人们对异常汉逊酵母菌基因组以及低能离子驱动的微生物变异机理的认识,为深入理解异常汉逊酵母菌的基因组特征以及分子生物学功能提供了理论依据,也为后续开展其遗传多样性研究奠定了理论基础。