近几年来,随着我国经济的不断发展,审计理论研究也在不断进步。在2008年的全国审计工作会议上,我国审计署审计长刘家义首次提出了审计“免疫系统论”的理论思想,指出审计是保障国家经济社会健康运行的“免疫系统”,审计“免疫系统论”的概念受到了社会各界的关注。而这几年我国慈善事业也发展的如火如荼,但是由于我国在法律法规方面对慈善组织在审计监督方面并不完善,在这段时间内我国慈善组织出现了很多问题,严重影响了社会公众对慈善组织的的信任。鉴于此,本文主要运用审计“免疫系统论”的理论观点,以多方位的审计监督模式、多角度监督慈善组织的资金使用情况及日常经营活动,促进慈善组织的信息披露,提升慈善组织的公信力。本文主要采用了文献分析法、比较分析法和案例分析法,首先对“免疫系统论”、“公共受托责任理论”、“代理理论”三个理论进行分析,然后分析国外慈善组织在审计监督方面的经验,再通过案例分析,分别以官办慈善组织和民办慈善组织两个典型案例,分析我国慈善组织在“免疫防御”、“免疫稳定”、“免疫监视”三方面存在的问题,最后依据审计“免疫系统论”的理论,提出“免疫系统论”下我国慈善组织审计监督的完善与发展。