论文部分内容阅读
菲律宾蛤仔(Ruditapes philippinarum)是我国四大养殖贝类之一,目前我国北方蛤仔养殖海区的苗种90%以上来自南方。由于长期地理隔绝,不同地理群体之间在形态、生物学及遗传性状存在差异。南方群体大量移养北方后,占领当地土著群体蛤仔生态位,加之人类无序捕捞,导致当地土著群体频临灭绝,对当地群体遗传结构产生影响,遗传多样性丧失。因此,蛤仔土著群体的种质资源保护已迫在眉睫。基于蛤仔SSR分子遗传标记,构建不同群体蛤仔DNA指纹图谱及数字化指纹数据库,实现不同群体蛤仔的种群识别、亲子鉴定、品种纯度和真伪鉴定的计算机化遗传鉴定。对蛤仔土著群体种质资源保护提供有力保障。本实验共筛选了微卫星引物66对,其中43对引物在实验的6个群体中有特异扩增条带,扩增成功率达65.15%,20对微卫星引物具有群体间相容性高、多态性良好的特征,对菲律宾蛤仔6群体共300个样品进行扩增分析,共检测到518个等位基因。在6个群体中,斑马蛤、福建连江、广西北海、辽宁营口、山东莱州以及天津群体的平均等位基因数(Na)在4.75-5.7之间。平均期望杂合度(He)在0.7011-0.7539之间。在天津(0.8660)中检测到20个位点的最高值,而在广西北海(0.4446)中最低值。微卫星位点的PIC值在0.3922~0.8444之间;在山东莱州群体中RPg15608的PIC最大,为0.8444;天津群体中RPg16975的PIC值最小,为0.3922。在山东莱州、辽宁营口、福建连江、斑马蛤群体中20个位点均表现为高度多态,高度多态的位点百分率均为100%;在广西北海群体中高度多态的位点百分率为95%;在天津群体中高度多态的位点百分率为90%。2个标记(RPg15429,RPg15608)在6个群体中的PIC值均大于0.7,这2个标记可作为有效的遗传标记。平均多态信息含量(PIC)在0.6421-0.7068之间。这六个群体的遗传多样性为山东莱州>斑马蛤>福建连江>广西北海>天津>辽宁营口。大部分存在显著或极显著偏离哈代-温伯格定律,说明微卫星引物在种群中可能存在无效等位基因,同时也表明本文检测的六个群体很可能存在近交现象。计算菲律宾蛤仔6个群体间的Nei’s相似性以及遗传距离,Nei’s相似系数为0.6591-0.8472遗传距离为01659-1.4169,福建连江和辽宁营口相似性系数最高,为0.8472,福建连江和天津遗传相似性最低,为0.6591。在此基础上,首次构建了不同地理群体的菲律宾蛤仔DNA指纹图谱,开发出两种软件:一种是网页版软件;另一种为单机版程序软件。网页版软件的优点是操作简单,不需要下载,有网络即可进行操作;缺点则是需要使用MATLAB软件,修改文件格式,在没有网络的情况下不能够进行操作,有一定局限性。单机版软件,使用者下载后可以在没有网络的情况下进行操作,并且不需要使用MATLAB软件将等位基因频率数据库的格式进行更改,直接在EXCEL软件中录入数据库,最后导入到该程序中可立刻得到相似度矩阵,操作简单方便,精确到小数点后6位,得到结果更加准确。