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【目的】应用免疫组化(IHC)和荧光原位杂交(FISH)方法，分别从蛋白质水平和基因水平观察HER2蛋白在胃癌原发灶和淋巴结转移灶的表达情况，分析HER2蛋白的异质性表达与胃癌临床病理特征的关系，对比HER2蛋白表达和基因扩增在胃癌原发灶和淋巴结转移灶的表达情况。【方法】1.第一部分：采用EliVisionTM plus IHC染色方法检测775例胃癌手术切除标本和560例淋巴结转移灶HER2蛋白的表达情况。2.第二部分：采用FISH检测71例胃癌原发灶和淋巴结转移灶HER2基因扩增情况。【结果】1.775例胃癌原发灶中132例(17%)HER2蛋白过表达(IHC2+和IHC3+)；在IHC2+和IHC3+病例中，HER2蛋白的异质性表达率分别为75%(33/44)、35.2%(31/88)。HER2蛋白的异质性表达与IHC2+病例显著相关(P＜0.05)。HER2蛋白的异质性表达与肿瘤分化程度和Lauren分型具有相关性(P＜0.05)，异质性表达的病例更倾向于中、低分化和弥漫/混合型组织学亚型，而与性别、年龄、肿瘤部位、肿瘤浸润深度、淋巴结转移、肿瘤分期以及有无远处转移无相关性(P＞0.05)。在560例淋巴结转移灶，HER2蛋白过表达率为18%(IHC2+和IHC3+)，与原发灶HER2蛋白阳性率无显著差异(P＞0.05)。对比560例胃癌原发灶和相应淋巴结转移灶HER2表达情况，共发现41例IHC评分不一致病例，其中17例HER2蛋白发生阳性转变；10例发生阴性转变；8例为原发灶IHC3+，而转移灶IHC2+，另外6例为原发灶IHC2+，而转移灶IHC3+。2.在胃癌原发灶中，HER2蛋白过表达与基因扩增的符合率分别为IHC3+76.2%、IHC2+17.4%和IHC0/1+100%。在淋巴结转移灶中，HER2蛋白过表达与基因扩增的符合率分别为IHC3+65.2%、IHC2+28.6%和IHC0/1+100%。在41例蛋白表达不一致的病例中，FISH检测发现3例基因扩增不一致病例。3例均为原发灶无HER2基因扩增，而转移灶存在HER2基因扩增(阳性转变)；未发现阴性转变。【结论】胃癌HER2蛋白的表达存在异质性。异质性的表达与HER2蛋白弱表达显著相关。瘤内异质性与肿瘤分化程度和Lauren分型具有相关性。在HER2蛋白高表达和阴性病例中，IHC和FISH检测方法具有较好的一致性。淋巴结转移灶和原发灶HER2状态具有较好的一致性，多数病例在转移过程中保留了原有的HER2状态；淋巴结转移灶HER2检测对原发灶具有较高的预测价值。转移灶HER2表达可出现阳性转变或阴性转变，因此条件允许的情况下，推荐同时检测转移灶HER2表达情况。