随着猪连锁图谱的构建完成，猪经济性状QTL定位也取得了很大的进展。截至目前，猪的QTL数据库收录了源自281篇文献中的6344个QTL。这些QTL涵盖了593个性状，包括了所有的重要经济性状，如生长率，瘦肉率，采食量，肉品质和疾病耐受性等。这些QTL往往被定位在几个到几十个厘摩尔(cent Morgan，cM)的区域内，该区域内通常包含数十个甚至数百个基因。由于QTL定位缺乏精准度，导致这些被定位的QTL潜在的因果突变基因难以分离和鉴别，同时也制约了这些QTL在猪遗传改良中的应用。因此，QTL的精细定位显得十分必要。许多因素制约着QTL精细定位，其中连锁图谱的标记密度是主要因素之一。　　 高密度连锁图谱的构建是QTL精细定位的关键步骤，在QTL精细定位中起着十分重要作用。在所有的分子标记中，只有单核苷酸多态(SNP)能够满足QTL精细定位的需要。另外，猪60K SNP基因芯片为SNP的检测提供了便利。本研究利用Illumina公司推出的猪60K SNP基因芯片，检测了本实验构建的白色杜洛克×二花脸F2资源家系中的全部祖代(19头)和F1代(68头)以及部分F2代(933头)共计1020个体。从60K中选取了2430个SNP标记，添加到本实验室前期由194个微卫星(SSR)标记组成的连锁图谱中，构建由微卫星和SNP共同组成的高密度连锁图谱。该连锁图谱涵盖18对常染色体和X染色体，由平均图谱、雄性连锁图谱和雌性连锁图谱组成。本研究中构建的连锁图谱和物理图谱分子标记的排列顺序相对位置基本一致，只有少数标记与物理图谱不符合，而且结果表明连锁图谱和物理图谱分子标记的间隔和距离是不一致的。构建的高密度连锁图谱最终由194个微卫星标记和2085个SNP标记组成，平均图谱总长为2422.2cM，母畜图谱总长为2761.0 cM，公畜图谱总长为2096.1cM，平均图谱的标记密度为1.05cM，相邻分子标记间的最大图距和最小图距分别为15.2cM和0.0cM。　　 利用本研究新建的高密度连锁图谱对猪5号染色体上影响耳面积和耳重量的QTL进行重新定位。与194个微卫星连锁图谱定位的结果相比，置信区间分别从初步的15.0 cM和19.0 cM的置信区间缩小至2.0 cM和9.0 cM的区间。本研究表明，通过增加标记数量，绘制高密度连锁图谱确实有助于缩小QTL的置信区间。高密度图谱对于后期的基因序列分析及其功能研究，标记辅助分离分析(MASA)等进而鉴定因果基因和因果突变有重要参照意义和实验基础。