燕家梁遗址位于内蒙古自治区包头市九原区燕家梁村,据考古学家考证应当是一处具有重大文化意义的元代水陆驿站遗址,它的发掘与研究为我们了解元代的驿站制度、交通形式、经济特征等方面提供了重要途径。考古人员在该遗址发现了许多道路、灰坑、房址、窖藏、墓葬等遗迹,出土了许多瓷器、铁器、铜器等遗物。并发掘出了许多人骨与动物骨骼,动物骨骼样本种属包括猪、黄牛、山羊、狗、骆驼、马、驴等,其中马骨标本463件,驴骨标本82件。本文对燕家梁遗址出土的13件古代马骨标本与2件古代驴骨标本进行DNA提取与测序,成功提取出了10匹元代马的线粒体全基因组序列与2匹元代驴的线粒体全基因组序列,对这12条序列,我们展开了线粒体全基因组分析。首先从Gen Bank中下载马的线粒体全基因组序列100条（古代14条,现代86条）,驴的线粒体全基因组序列25条（古代3条,现代22条）。接着对包括燕家梁样本在内共137条序列进行了邻接树的构建,结果驴与马的个体被清晰区分开来,与形态鉴定一致。又对110条马的线粒体全序列建立最大似然树与贝叶斯树,对27条驴的序列建立了最大似然树与贝叶斯树。结果显示,按照线粒体全序列分类,燕家梁10匹元代马具有B、G、L、Q、R五个单倍型。可以确定的是,YJL01H与现代伊犁马、焉耆马等中国本土马遗传关系较近;YJL02H与一匹古代蒙古马、两匹欧洲现代马遗传关系较近;YJL05H与一匹阿拉伯马关系极为密切;YJL06H与一匹伊朗现代马关系较近;YJL07H与一匹乌科克高原公元前7世纪的古代马遗传关系较近;YJL09H与一匹伊朗现代马、一匹欧洲现代马关系较近,YJL10H与一匹雅库特马、一匹叙利亚现代马遗传关系密切。通过对燕家梁遗址古代驴与其他25条线粒体全序列的系统发育分析得知,燕家梁2匹古代驴可以分别属于世系Ⅰ与世系Ⅱ,其中YJL16D与一匹陕西西安古代驴遗传关系极为密切;YJL17D与一匹肯尼亚现代驴遗传关系密切。随后,我们又从Gen Bank下载了499条马的线粒体控制区序列,与燕家梁8个古代马样本的线粒体控制区序列一起建立了最大似然树与中介网络图,发现按照线粒体控制区分类方式,燕家梁古代马可以分为A、D、F、G四个世系。宁夏于家庄遗址的YJZ02所代表的马群可能为YJL01H、YJL07H、YJL08H的祖先;YJL02H、YJL06H与YJL12H与许多欧洲现代马聚集,具有亲密的母系关系,这可能与燕家梁作为驿站的对外交流作用有关;YJL09H与内蒙古自治区新店子遗址、小双古城遗址以及一匹欧洲9世纪古代马聚集,遗传关系较近;YJL05H与小双古城遗址古代马、一些欧洲现代马聚集;YJL10H与一匹摩尔多瓦古代马、一匹北美野马、一匹大山前遗址古代马母系关系密切;YJL11H与两匹南西伯利亚古代马、板城遗址的古代马聚集,可能具有源流关系。母系遗传的多样性由许多原因铸成。第一,燕家梁遗址位于昆都仑沟的正南,紧邻黄河,地理位置十分特殊,且元代驿站制度完备,沿黄河设置了多处水陆驿站,很大程度上促进了中西方经济、文化的交流,造就了燕家梁遗址在元代经济的繁荣,也促成了燕家梁古代马母系遗传的多样性。第二,元代起源于草原文化,善于御马、育马,且具有完备的马政制度,会引进优良的马匹品种,促进了母系遗传的多样性。第三,元代统治者擅于征战,在战争的过程中获得了许多优良的马种,促进了遗传信息的多样性。