高新技术企业是我国摆脱粗加工生产方式这种经济模式的重要载体,是实现我国转变经济发展方式、提高我国国际竞争力、强化我国在世界经济话语权和维护我国国民经济安全稳定等目标的关键工具,而要发挥高新技术企业对我国经济、社会、军事等领域的强有力的推动作用,则必须重视R&D,因为使其可持续发展的核心内容是R&D活动。近年来,我国高新技术企业的发展越发受到国家和人民的关注,相关研究也层出不穷,但是对高新技术企业R&D效率的评价则相对不多,特别是本文采用了DEA方法中的BCC模型和Malmquist生产率分析法相结合来进行效率评价,则更为不多,特别是本文在投入产出指标方面进行了局部创新,一定程度地完善了高新技术企业R&D效率评价体系。本文以我国30个省市区的高新技术企业为研究样本,对其R&D投入产出效率进行评价。有关数据来源于《中国科技统计年鉴》等,年份的划分主要是2011-2016年5个时间段,出于R&D的投入与产出的时间间隔性,本文基于时间间隔为1年,即2011年投入与2012年产出,以此类推。投入指标选取R&D人员全时当量、R&D经费支出,分别衡量R&D的人力和财力投入;产出指标选取为专利申请数量、发明专利申请数量、国家税收、新产品销售收入,分别衡量R&D的基础性科研成果、社会效益、经济效益。研究方法采用数据包络分析法(DEA),具体模型有BCC、Malmquist指数分析法,来进行高新技术企业R&D效率的静态和动态评价。研究发现在2011-2016年间,我国30个省市区的高新技术企业R&D总体上综合效率偏低,通过将其分解后,发现纯技术效率偏低是造成综合效率偏低的主要原因,但是规模效率偏低也在一定程度上降低了综合效率,总体上来说,表明我国高新技术企业R&D活动存在严重不足。在全要素生产率分析中,发现仅西部地区在5年中都大于1,表明西部地区的高新技术企业总体上一直处于上升时期,技术进步指数的上升是其全要素生产率提升的主要原因,而绝大多数东部地区的全要素生产率偏低是规模效率下降造成的,说明我国不论发达地区还是欠发达地区,都存在对高新技术企业的R&D活动投入不足问题。文章最后,提出相关策略建议。