猪萨佩罗病毒感染(porcine sapelovirus infection)是由猪萨佩罗病毒所引起的,临床表现为猪脑脊髓灰质炎、肺炎、繁殖障碍、腹泻等多系统综合征及无明显症状的一种危害养猪业的重要传染病。本研究建立了一种检测PSV的实时荧光定量RT-PCR检测方法,利用该方法对PSV感染组织特异性进行初步研究,并对四川省部分地区PSV感染情况进行调查。在此基础上,通过克隆分析1B基因,对PSV遗传变异进行分析,为进一步开展相关研究奠定了基础。本研究根据GenBank中PSV的3D基因的保守序列设计并合成一对针对PSV的特异性引物,经反应条件的优化,建立了基于SYBR Green Ⅱ检测PSV的实时荧光定量RT-PCR方法。荧光定量RT-PCR反应所获的标准曲线显示,反应中模板DNA的量与荧光定量RT-PCR的CT值呈良好的线性关系,直线方程为y=-3.307 x+38.706,相关系数R2达到0.999。所建方法特异性强,能很好地将PSV与猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、猪嵴病毒、猪流行性腹泻病毒、猪传染性胃肠炎病毒以及A群猪轮状病毒区分开,扩增产物的熔解曲线分析只有1个单特异峰；敏感性高,检测下限为1.44×102copies/μL,比普通PCR敏感100倍；重复性较好,组内变异系数和组间变异系数均小于1.5%。应用该方法对8头自然感染PSV猪的各组织样品进行检测,结果发现,PSV在猪体内分布广泛,而不同组织病毒载量差异较大,最高的为肠道和粪便。对采集自四川部分地区规模化猪场2014-2015年间428份临床腹泻病料进行检测,结果表明,各地区均存在PSV感染,PSV总阳性率为26.6%(114/428),对各年龄段猪PSV感染率进行统计发现,5-9周龄猪感染率最高,达到37.4%(55/147)。以上结果表明,本研究建立的实时荧光定量RT-PCR方法特异性较强、灵敏度高、重复性好,可用于该病毒的临床检测、定量分析及流行病学调查。为了解PSV的感染情况及毒株的变异情况,本研究设计一对扩增猪萨佩罗病毒1B全基因的特异性引物,利用RT-PCR扩增不同地区猪萨佩罗病毒1B全基因,通过分子克隆,测序得到14个猪萨佩罗病毒1B基因序列,核苷酸序列及推导出的氨基酸序列相似性分别为90.6-100%和97.1-100%。遗传进化分析显示,本研究获得的四川株与已知中国株分属于一个大的分支,说明我国猪萨佩罗病毒1B基因序列较为保守,没有发生大的基因变异。所有中国分离株与韩国株、德国株、英国株处在不同分支,推测认为我国PSV的流行毒株可能为固有毒株而非引入的新疫情。