【摘 要】
:
CRISPR/Cas9是一个简单、高效可用于动植物基因组工程的RNA引导的编辑工具。近些年,将其组件Cas9 m RNA和sg RNA注射到食蟹猴受精卵细胞质研制基因敲除动物。灵长类动物作为建立基因突变相关的人类疾病动物模型具有重要意义。然而,鉴于食蟹猴研究费用高,妊娠期长,饲养成本高的生理特性。较难获得食蟹猴胚胎,并且从胚胎及胎儿获得准确基因修饰的信息所需时间长。在难以改变食蟹猴生理特性的前提下
【基金项目】
:
广东省重大科技专项(2014B020225007);
论文部分内容阅读
CRISPR/Cas9是一个简单、高效可用于动植物基因组工程的RNA引导的编辑工具。近些年,将其组件Cas9 m RNA和sg RNA注射到食蟹猴受精卵细胞质研制基因敲除动物。灵长类动物作为建立基因突变相关的人类疾病动物模型具有重要意义。然而,鉴于食蟹猴研究费用高,妊娠期长,饲养成本高的生理特性。较难获得食蟹猴胚胎,并且从胚胎及胎儿获得准确基因修饰的信息所需时间长。在难以改变食蟹猴生理特性的前提下,降低研制基因修饰猴的费用和提高其效率的重要方法就是提高CRISPR/Cas9编辑的效率。选择高效的sg RNA和优化CRISPR/Cas9编辑效率成为本论文主要研究目标。为此,本论文设计了两个连续的实验,首先预测sg RNA序列碱基趋势性,在此基础上设计效率差异大的两种sg RNA在食蟹猴胚胎上测试,其次,研究C-端结合蛋白的相互作用蛋白(C-terminal-binding protein interacting protein,Ct IP)对Cas9及低活性sg RNA效率的影响。实验一:首先做体外活性检测,选择了15条做过体内外活性检测sg RNA分别注入胚胎中,sg RNA(50 ng/μL)、Cas9 m RNA(100 ng/μL)混合。检测其效率并与常见的sg RNA设计网站上效率评分对比,发现存在较大差异。并由此提出sg RNA可能具有物种差异性。将在食蟹猴胚胎上测试效率的67条sg RNA纳入分析,并对sg RNA各个位置做了一个统计,得到了关于灵长类动物胚胎sg RNA的趋势性分析,针对较为符合趋势和不太符合趋势的两条sg RNA在食蟹猴胚胎上测试,单克隆结果表明sg RNA 2活性明显高于sg RNA 3。并对sg RNA 2进行脱靶分析。实验成功的证明了我们的趋势分析可以筛选出高活性sg RNA,且和脱靶无直接相关性。实验二:对低编辑效率的sg RNA分析,猜测可能断裂的DNA以姐妹染色体为模板完成修复,导致基因编辑失败。想通过加入Ct IP蛋白提高非同源末端修复的方式来提高CRISPR系统编辑效率。我们第一次在载体中混入300 ng/μL Ct IP蛋白,未检测到低活性sg RNA-T工作。我们第二次在载体中混入500 ng/μL Ct IP蛋白,仍然未检测到低活性sg RNA-T工作。我们将1 cell和2 cell收集到一管,通过PCR测序的方法检测,没有检测到活性。实验结果证明了Ct IP蛋白并不能提高使用低活性sg RNA后CRISPR的编辑效率。我们得到了一个关于设计高效灵长类动物胚胎sg RNA的趋势分析,并探索了Ct IP分子在胚胎中与CRISPR系统的编辑效率。这些结果为提高CRISPR系统在灵长类动物胚胎活性提供了方向。我们希望在更多数据的支持下再加以结合现在已经报道的相关论点我们会得到一个更加完整的关于食蟹猴胚胎sg RNA的活性评分方法。从而大大减少不确定性,扩展食蟹猴基因组工程的实际可能性。
其他文献
矮牵牛(Petunia hybrida)是重要的观赏植物,主要用于花台、花境的造景。叶色是观赏植物的重要观赏特性之一。研究影响叶色的形成机制具有重要意义。从表观遗传学角度研究叶色形成机制报道还非常少。RNA甲基转移酶(TRMT61A)是负责RNA腺嘌呤上N1位置上的甲基化;假尿苷合成酶(PUS)是负责断开RNA中尿嘧啶(U)中的N1-C1键后建立新的C5-C1键,最终形成假尿苷(Ψ)。TRMT61
伪狂犬病毒为有囊膜的双链DNA病毒,属于疱疹病毒的成员。可以感染多种动物,其中猪为其贮存宿主,疫苗接种是防控该病的主要手段,且取得了良好的防控效果,但2011年以来国内伪狂犬病疫情再度大面积爆发,新的流行毒株发生了一定程度的变异,导致现有疫苗不能对新毒株的感染提供完全保护,因此有必要研制针对新流行毒株的疫苗。本研究拟采用基因缺失株rPRV-AH-gI-/gE-和rPRV-AH-gI-/gE-/g
狂犬病(Rabies)是由高度嗜神经性的狂犬病病毒(Rabies virus,RABV)引起的烈性人兽共患病。狂犬病的病死率高达100%,是世界性危害严重的高危疾病,特别是在亚洲和非洲的发展中国家和地区。至今仍没有有效治疗狂犬病的方法,但可通过疫苗免疫达到较好暴露前预防和暴露后治疗。虽然RABV研究历史很长,但对于狂犬病具体的发病机制尚不清楚,并且机体对于致病株感染和弱毒株感染表现着较大的差异,对
随着信息技术和互联网不断发展,各种各样的信息服务越来越普及。社交网络从传统的通信工具演变成满足人们交流、学习、娱乐等社交需求的平台。定位技术与传感器的高速发展,产生了大量的用户行为数据,使得推荐系统成为学术界和工业界持续研究的热点。面对人们不断增长的社交需求,本文重点研究在社交网络中获取有效信息和好友的推荐功能。在研究推荐方法上,更多关注节点间的特征和结构,将节点的相似性作为社交需求的依据,把图论
那西肽是一种由活跃链霉菌产生的含硫多肽类抗生素,可有效防治动物呼吸道疾病和肠炎,对于提高饲料利用率和促进畜禽生长具有明显的作用。然而,为了追求最大化经济利益,生产中滥用那西肽等兽药及其添加剂的现象,可能导致动物源性食品中兽药残留严重,甚至超过其最大残留限量。为保障动物食品安全和人类健康,加强对那西肽残留检测方法的研究显得尤为重要。本研究建立了一种快速测定动物肌肉组织中那西肽残留的高效液相色谱-荧光
申嗪霉素属于吩嗪类化合物,化学名吩嗪-1-甲酸(Phenazine-l-carboylic acid,PCA);是一种非常重要的天然产物,广泛存在于链霉菌和铜绿假单胞菌。对甜瓜蔓枯病(Mycosphaerella melonis)、西瓜枯萎病(Fusarium oxysporum sp.niveum)及水稻纹枯病(Rhizoctonia solani)等多种真菌病害均有很好的防治作用。由于吩嗪-1
头孢喹肟是目前唯一一个应用于动物的第四代头孢菌素类抗生素,具有广谱的抗菌活性,对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌均有较好的抗菌效果。目前CLSI和EUCAST还没有建立头孢喹肟相关的折点信息,敏感性判定标准的缺乏,严重影响了头孢喹肟耐药性监测工作的开展。本研究建立了头孢喹肟对大肠杆菌和金黄色葡萄球菌的野生型折点(COWT)和药动/药效学折点(COPD),以期为耐药监测工作的开展提供有效数据支撑。本研究根据
家蚕(Bombyx mori)是鳞翅目昆虫的代表,也是重要的经济昆虫。家蚕核型多角体病毒(B.mori nuclear polyhedrosis virus,Bm NPV)属于杆状病毒科的嗜碱性粒细胞病毒属,是一种重要的家蚕病原,可以引起家蚕的血液型脓病,Bm NPV每年造成的经济损失约占所有蚕病引起损失的70%。目前,Bm NPV侵染家蚕细胞的分子机制还知之甚少,也尚无好的办法预防和防治Bm N
褐飞虱Nilaparvata lugens是水稻上的一种刺吸式口器害虫,对大多数常用的化学农药产生了较强的抗药性。玫烟色棒束孢Isaria fumosorosea可有效地防治褐飞虱等刺吸式口器害虫。为弄清玫烟色棒束孢表皮降解蛋白Ifcdp1在参与真菌侵染、杀死褐飞虱过程中与相关蛋白的识别与互作关系,本论文构建了经玫烟色棒束孢诱导的褐飞虱酵母双杂交c DNA文库,并从褐飞虱c DNA文库中筛选与If
小麦赤霉病(Fusarium head blight,FHB)是一种主要由禾谷镰刀菌(Fusarium graminearum,Fg)引起的全球性作物疾病,可造成小麦等粮食作物的大量减产。在侵染植物过程中,该菌会产生脱氧雪腐镰刀菌烯醇(Deoxynivalenol,DON)作为效应因子协助其侵染。另外,DON也是污染粮食的主要真菌毒素。目前如何降解DON是国内外的研究热点,然而有关植物抗DON基因