当前我国船舶选择悬挂方便旗给我国带来了一系列负面影响：从宏观航运安全及航运市场方面考虑，方便旗会涉及到航运安全，同时方便旗还会加剧航运市场的不公平竞争，由于方便船籍国宽松的登记条件和种种优惠政策，使方便旗船经营人的经营成本大幅降低，又无需为船舶的经营利润纳税，从而对其他没有取得方便旗的船舶经营人造成了不公平竞争。因此，在我国提出建设国际航运中心的过程中，如何保持我国船队的稳定性，将其吸引回国，保证我国船队的规模已经成为一个重要问题。在许多海运大国纷纷提出第二船籍登记制度的时候，我国船舶登记制度改革也应该提上议事日程。本文认为高额的税收机制、船员因素、逃避监管、造船融资因素导致了我国船舶移籍海外，我国现行的严格登记制度也不利于解决上述问题。应利用第二船籍登记制度在税收优惠、船员国籍、船龄限制、船级社准入条件方面的突破来解决船舶移籍海外的问题。