当前,我国处于改革发展的战略机遇期和矛盾凸显期,非经营性政府投资项目代建制度和代建模式的改革发展面临机遇与挑战。自2004年国务院《关于投资体制改革的决定》颁布之后,惠州也开始了非经营性政府投资工程项目代建模式的实践与探索,尝试了“指挥部”模式、“企业代建”模式和“常设代建机构”模式三种。本文结合交易成本等相关理论,运用文献分析法、规范分析法、案例研究法和比较研究法,对惠州市非经营性政府投资工程项目三种代建模式的实践成效及存在问题进行分析。研究发现,“指挥部”模式会产生较高的内部协调成本,“企业代建”模式的实践则囿于委托——代理中产生的信息不对称困境,“常设代建机构”模式能较好地克服前面两种模式的难题,但是发展仍不成熟,很多问题有待完善。因此文章在结合惠州实践和国内外典型地区的代建经验的基础上提出了非经营性政府投资工程项目的混合代建模式。我国的非经营性政府投资项目的代建制和代建模式在未来较长的时期内都处于一个不稳定的探索阶段,多种模式会同时并存,相互借鉴。在代建模式的选择上,如何处理好组织与市场的关系,选择何种模式才符合服务型政府和责任政府的理念,还有很大的探索空间。