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目的：通过加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis ,WGCNA)筛选出对肝细胞肝癌进展和预后有影响的关键基因(hub genes)。
方法：从TCGA官网下载371例肝细胞肝癌和50例癌旁的RNA-seq数据和临床数据，在R中利用edgeR包做差异分析，筛选出在肝细胞肝癌和癌旁组织中的差异基因(Differentially expressed genes, DEGs)。选取所有基因方差前25%的基因用于做WGCNA，将和临床信息Grade最相关的模块基因提取出来，然后再与DGEs做交集，之后再排除部分已经在肝细胞肝癌中有很多研究的基因得到最后的关键基因。再利用在线网站GEIPA查询所有关键基因的十年总体生存率和无病生存率，利用受试者工作特征曲线(ROC)分析这些关键基因在低分化肝细胞肝癌和高分化肝细胞肝癌是否具有鉴别作用。从GEO数据库下载GSE6764数据集去验证这些关键基因在肝细胞肝癌和癌旁以及在低分化和高分化肝细胞肝癌的表达趋势。最后，收集本院16对高、低分化的肝细胞肝癌组织以及对应的癌旁组织进行荧光定量PCR验证这些关键基因的表达趋势。
结果：经过差异分析和WGCNA以及利用数据库筛选，总共得到13个在肝细胞肝癌中研究很少的关键基因，并且这13个关键基因的十年总体生存率和无病生存率几乎都有意义(P＜0.05)，经过ROC分析，这些基因一定程度上能区分低分化和高分化肝细胞肝癌。经过GSE6764数据集验证，大多数的关键基因在肝细胞肝癌和癌旁组织存在差异(P＜0.05)，同时在低分化肝细胞肝癌和高分化肝细胞肝癌中同样存在差异(P＜0.05)。荧光定量PCR一样印证了这些结果。
结论：这13个关键基因在肝细胞肝癌中呈上调趋势，并且随着肝癌的进展，表达越来越高，对肝癌的发生发展及预后具有重要意义。
方法：从TCGA官网下载371例肝细胞肝癌和50例癌旁的RNA-seq数据和临床数据，在R中利用edgeR包做差异分析，筛选出在肝细胞肝癌和癌旁组织中的差异基因(Differentially expressed genes, DEGs)。选取所有基因方差前25%的基因用于做WGCNA，将和临床信息Grade最相关的模块基因提取出来，然后再与DGEs做交集，之后再排除部分已经在肝细胞肝癌中有很多研究的基因得到最后的关键基因。再利用在线网站GEIPA查询所有关键基因的十年总体生存率和无病生存率，利用受试者工作特征曲线(ROC)分析这些关键基因在低分化肝细胞肝癌和高分化肝细胞肝癌是否具有鉴别作用。从GEO数据库下载GSE6764数据集去验证这些关键基因在肝细胞肝癌和癌旁以及在低分化和高分化肝细胞肝癌的表达趋势。最后，收集本院16对高、低分化的肝细胞肝癌组织以及对应的癌旁组织进行荧光定量PCR验证这些关键基因的表达趋势。
结果：经过差异分析和WGCNA以及利用数据库筛选，总共得到13个在肝细胞肝癌中研究很少的关键基因，并且这13个关键基因的十年总体生存率和无病生存率几乎都有意义(P＜0.05)，经过ROC分析，这些基因一定程度上能区分低分化和高分化肝细胞肝癌。经过GSE6764数据集验证，大多数的关键基因在肝细胞肝癌和癌旁组织存在差异(P＜0.05)，同时在低分化肝细胞肝癌和高分化肝细胞肝癌中同样存在差异(P＜0.05)。荧光定量PCR一样印证了这些结果。
结论：这13个关键基因在肝细胞肝癌中呈上调趋势，并且随着肝癌的进展，表达越来越高，对肝癌的发生发展及预后具有重要意义。