十九大报告中提出“创新是引领发展的第一动力,是建设现代化经济体系的战略支撑”。虽然山东省经济总量在全国排名第三,但缺乏自己的核心产业,亟待转变经济增长方式,通过科技创新实现产业结构升级,促进经济高质量增长。然而,科技创新活动由于具有过程高风险性与成果高外溢性的特点,仅靠市场配置资源无法实现帕累托最优,需要政府财政支持科技事业的发展。山东省政府近几年十分重视财政在科技创新领域的投入,但是最终取得的效果不甚理想,而绩效评价能够在财政资金的使用管理上起到很好的作用,有助于实现科技资源的优化配置。因此,有必要对山东省财政科技投入的绩效评价工作进行深入研究。在公共产品理论、外部性理论、新公共管理理论等基础理论的指导下,通过构建较为合理的山东省财政科技投入绩效评价体系,揭示出山东省政府财政科技投入中存在的问题,为政府进一步优化财政科技投入规模和方向提出合理化的建议,以促进山东省财政科技资源优化配置及绩效评价工作良性开展,让有限的财政资金为科技创新活动提供强有力的支撑,重振山东经济。本文首先基于已有的理论基础及研究成果,立足于财政科技投入和绩效评价工作的现状,以及山东省2012—2018年统计年鉴中的数据资料,从财政科技投入、科技产出、效益效果三个维度利用层次分析法(AHP)和MATLAB、EXCEL2010等数据分析软件,以加快新旧动能转换的完成为目标,构建出山东省财政科技投入绩效评价指标体系,确定了每一评价指标对应的权重系数。然后通过对绩效指数、绩效改善指数、绩效同步指数和因子贡献度进行分析,阐释了山东省财政科技投入绩效的特点及问题,具体表现为财政科技投入规模总量不足,增速波幅大、结构不甚合理,基础研究投入不足及绩效水平整体偏低,并据此提出了提高财政科技投入绩效水平,改进绩效评价工作的建议。