2006年1月,中共中央、国务院做出《关于实施科技规划纲要增强自主创新能力的决定》,将“建设创新型国家”列为我国中长期发展的战略目标。2009年3月北京中关村获批成为第一个国家自主创新示范区,截至目前,我国已经陆续批复建设18个国家自主创新示范区。各示范区在发展定位、空间布局、支柱产业等方面各具特色,体现在政策内容和结构上,各示范区虽然都围绕自主创新总目标,但会基于自身的禀赋和特色而在政策实践中有所侧重。此外,现有研究发现:政策的协同度对政策绩效具有重要影响,只有政策体系内的各政策相互配合、相互支持,才能推动科技进步、支撑自主创新,从而实现经济的高效发展。首个示范区成立至今9年,示范区政策体系结构和协调情况值得探究。但是,目前我国学术界对于示范区创新政策的研究却相对缺乏,且大多为规范性研究,同时,存在研究视角不全面、时间跨度不完整等不足。在此背景下,本文以北京中关村和上海张江示范区为研究对象,选取示范区成立以来至2017年底的创新政策文本,采用扎根理论和政策测量法对政策文本进行半定量化处理,再进而采用加权共词分析方法,比较两个示范区的政策体系结构和构成要素;采用复合系统协调度模型,比较两个示范区的政策协同演进情况,得出如下结论:(1)两个示范区当前的创新政策总体做到了因地制宜。中关村的目标定位在激励自主创新的体制机制,主要通过更直接、更具体的政策手段促进创新,比如奖励、补贴等,体现出政府强大的主动性和广泛的牵涉性;张江关注重点产业发展的示范引领和辐射带动能力,通过更间接、更宏观的方式促进创新,比如搭建平台,更注重发挥市场的作用,更多关注中小企业发展。(2)政策协同度方面,中关村基础较好且逐年上升,创新政策的连续性强,政策的互补性在不同时期和不同领域都有所体现;张江基础较低,先增后降,2014年后政策没有很好的延续,出现了中断的情况。本研究为各示范区优化政策体系结构及明确政策取向提供参考,对于加强示范区创新政策相互配合支持,进而提升创新政策绩效具有指导意义。