马克思社会有机体理论形成和发展有其历史与逻辑进程。按照历史和逻辑顺序，大致可以划分为萌芽、酝酿、发展、完善与补充五个阶段。在马克思那里，社会有机体是一个囊括全部社会生活领域包含多类要素、多个领域、多种现象的层次性的、系统性的、总体性的关系范畴。从一般、抽象的角度理解，社会有机体是指对各类共同体的一种抽象认识，它是既包容又高于一切具体形态的社会共同体的总体性范畴；从具体、历史角度理解，社会有机体是指不同时期、不同区域、不同层次的有机体，是对社会有机体不同样态的具体概括。理论与方法具有内在的联系，任何理论总是需要相应方法论的指导，科学的理论又具有重要的方法论意义。马克思批判否定了形而上学、唯心的方法论，在其社会有机体理论中运用了一般方法论即辩证、唯物史观的指导。在此前提下，马克思还运用特殊、具体的方法观察、分析、把握社会有机体，这些特殊、具体的研究方法是唯物、辩证方法在社会有机体理论中的具体运用，构成独特的社会有机体方法论体系。总体性方法是马克思社会有机体理论研究最为根本的方法。在总体性方法方面，马克思同西方马克思主义有着本质的差异。马克思从总体性的高度观察和分析社会，将全部社会生活领域的各种事物和各种现象，看作是在实践基础上生成和发展的有机系统，阐明人类社会具有整体性、系统性、动态性和发展性。马克思总体性方法主要包括三个方面的含义：一是强调社会有机体具有实践性、矛盾性，社会是在实践基础上的主客体的矛盾统一体；二是强调社会有机体具有整体性、系统性，是由相互影响、相互作用的多个要素、多种组织、多个子系统以及复杂的社会现象构成的有机统一体；三是强调社会有机体具有动态性、发展性，有着不断自我更新、自我成长的特性，始终向着完整全面、自满自足的统一体系而发展，趋向于总体方向的进化。总体性方法包括整体性、系统性、实践性、矛盾性、动态性、发展性等多个原则。马克思从具体总体、关联总体、历史总体角度，全面论述了社会有机体理论。马克思、恩格斯运用批判继承的方法，在康德、黑格尔、孔德等人有机体思想的基础上，创新发展了社会有机体理论。马克思运用了比较对照研究方法，深入把握了社会有机体与自然有机体、有机体个性与共性、片面性与全面性有机体的关系，揭示了社会有机体的特性、发展与演化规律。矛盾分析方法是马克思社会有机体理论研究中的一个重要方法。马克思基于普遍矛盾、主要矛盾、特殊矛盾的视角，分析社会有机体中的特殊矛盾及其运动，全面揭示了社会有机体的辩证本性。马克思对社会有机体的考察还运用了结构分析法。他分别从关系结构、生产结构、总体结构的视角，从不同层面把握社会要素构造的基本关系及其状态，揭示了社会机体结构形态及其变迁规律。最后，马克思对社会有机体的研究还生动地体现了系统研究方法，他从系统的结构、功能、互动、自组织等多重视阈，研究社会系统内部以及系统与外部环境的相互关系，全面考察了社会有机体的系统特性。课题研究了马克思社会有机体理论的方法论，同时也深入挖掘了社会有机体理论本身，由此进一步把握了社会有机体理论对现代社会发展的方法论价值。马克思社会有机体理论对于当代中国推进和谐社会、科学发展以及当今和谐世界的建设都具有极其重要的方法论启示。