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本研究采用PCR-SSCP分子标记和DNA测序技术对ND5、GHSR两个基因在南阳牛、秦川牛、郏县红牛、晋南牛、安格斯牛和中国荷斯坦牛6个群体共714个个体的遗传变异进行分析,并探讨了南阳牛、秦川牛、郏县红牛基因遗传变异与生长性状之间的相关性,为这三个黄牛品种进一步选育从理论上提供帮助。本研究取得以下结论:1.6个黄牛品种ND5基因遗传特性分析应用PCR-SSCP技术对6个黄牛品种mtDNA ND5基因3个基因座进行多态性分析。结果表明:N1与N3基因座的PCR产物经SSCP检测仅存在一种带型。N2基因座存在A、B两种单倍型,发现3个SNP,12900 T>C、12923 A>T、12924 C>T（与NC006853对照）,其中,12900 T>C位属于同义突变,12923 A>T、12924 C>T两位突变处于同一密码子的二、三位,致使苯丙氨酸变为酪氨酸。在6个黄牛群体中,N2基因座A单倍型频率分别为0.167、0.134、0.139、0.117、0.041、0.066。2.ND5基因多态性与牛生长性状之间的关联分析ND5基因遗传变异与南阳牛的管围、坐骨端宽、体重、体斜长、体高、日增重等性状之间进行关联分析,发现在6月龄坐骨端宽指标上,B单倍型高于A单倍型,差异极显著（P<0.01）;在6月龄体重、体斜长、体高、日增重等指标上,B单倍型也高于A单倍型,差异显著（P<0.05）。在24月龄体高指标上,A单倍型高于B单倍型,差异极显著（P<0.01）;但在12、18月龄南阳牛群体中没有相关。ND5基因的遗传变异与秦川牛、郏县红牛生长性状间进行关联分析,发现秦川牛与ND5基因变异没有相关。在郏县红牛群体中,坐骨端宽指标是A单倍型高于B单倍型,差异极显著（P<0.01）。3.6个黄牛品种GHSR基因遗传特性分析对GHSR基因全部外显子区共4个基因座G1、G2、G3和G4进行遗传变异分析。首次检测到四个突变SNP,nt-7、nt456、nt667和nt3552（参考XM592014的序列,转录起始位点为+1）。G1基因座存在三种带型,在-7位发生了碱基C>A突变。G1基因座等位基因C基因频率在南阳牛、秦川牛、郏县红牛、晋南牛、安格斯牛和中国荷斯坦6个黄牛品种中分别为0.729、0.557、0.543、0.536、0.539、0.852。G2基因座发现两个SNP,分别在456、667位发生了碱基G>A、C>T的突变。该两处突变完全连锁,三种基因型分别命名为AA、AB、BB型,在所有研究群体中,没有检测到BB基因型。G2基因座等位基因A基因频率6个黄牛品种中分别为0.889、0.855、0.891、0.903、0.762、0.910。G4基因座仅发现一个SNP,在3552位发生了碱基C>T突变,存在两种带型,G4基因座等位基因C基因频率在6个黄牛品种中分别为0.556、0.549、0.577、0.540、0.560、0.508。6个群体G1基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态。南阳牛、秦川牛、郏县红牛、晋南牛和安格斯牛G1基因座遗传多态性处于中度多态,荷斯坦牛G1基因座处于低度多态。6个群体G2基因座均处于Hardy-Weinberg平衡状态。郏县红牛和安格斯牛G2基因座遗传多态性处于中度多态,南阳牛、秦川牛、晋南牛和荷斯坦牛G2基因座遗传多态性处于低度多态。其中,荷斯坦牛多态信息含量最低。6个群体G4基因座均处于Hardy-Weinberg不平衡状态。南阳牛、秦川牛、郏县红牛、晋南牛、安格斯牛和荷斯坦牛6个黄牛品种中G4基因座遗传多态性均处于中度多态。4.GHSR基因多态性与生长性状之间的关联分析GHSR基因G1、G2和G4基因座的遗传变异与南阳牛、秦川牛、郏县红牛生长性状之间进行关联分析。G1基因座不同基因型在郏县红牛群体中,BB基因型腰角宽、尻长显著大于AA基因型（P<0.05）;在秦川牛群体中AB基因型腰角宽显著大于BB基因型（P<0.05）。G2基因座南阳牛6月龄体重和日增重AA基因型显著高于AB基因型（P<0.05）,但在12/18/24月龄时差异不显著。郏县红牛和秦川牛群体中,不同基因型与生长性状没有相关。G4基因座不同基因型在南阳牛6月龄指标中,AA基因型坐骨端宽大于AB基因型,达到显著水平（P<0.05）。