计算机软件的商业秘密是指由计算机软件权利人享有的,有关其软件竞争利益,具有实用价值的,符合商业秘密规定的信息。其包括算机软件的技术信息和经营信息。商业秘密的保护方式一直伴随计算机软件的产生发展,并且在现阶段体现出了越来越重要的作用。这是因为商业秘密法符合计算机软件及其产业自身的特点,并且在与版权法、专利法的比较中体现出了明显的优势。对计算机软件商业秘密的保护应该着眼于专有权利与社会公共利益的平衡,不仅要讨论权利的救济,更要讨论救济的限度,即知识财富的最佳动态利用。计算机软件的自身特点以及其在社会生产生活领域的重要作用,使得计算机软件的商业秘密与一般商业秘密相比具有突出的特点,这些特点体现在对权利的利用限制与侵权救济上。在权利的利用限制方面,计算机软件商业秘密的竞业禁止的主体范围应该更窄,期限应该更短;对于因拒绝许可软件商业秘密而可能造成的垄断,应采用强制许可的方式予以规制。在侵权的救济方面,由于计算机软件侵权行为的隐蔽性,应加大侵权方的举证责任,对于排除侵权性的反向工程行为应限定在获取必要的兼容信息的范围内。就我国软件产业发展的现状来看,低门槛的保护方式应是最佳的选择,具体来说,采取版权和商业秘密的组合保护模式是符合我国国情的做法。另外,应该针对处于垄断地位的软件企业拒绝许可其技术秘密的情况,采取强制许可的方式保护社会公共利益;并且将软件商业秘密竞业禁止的主体范围限制在高管,软件工程师,系统分析师的范围内,同时期限不应超过2年,以保护员工的自由择业权。在面对软件商业秘密侵权纠纷的时候,法院应要求被告方证明其获取软件商业秘密的手段的正当性。同时,反向工程应用于商业目的的时候,仅在以获取必要的兼容信息开发原创性软件情况下,方能获得排除侵权性的效力。最后,为了应对激烈的市场竞争,软件企业应该完善自身的商业秘密保护机制,加强对软件商业秘密的技术保护,同时制定完善的管理制度防范软件商业秘密受到侵犯。