环境侵权诉讼中的因果关系推定与举证责任倒置是不同类型的法律规范。因果关系推定是指对于某种表见事实发生损害,即推定损害与该事实的因果关系存在,受害人无需再证明其间的因果关系,即可对表见事实行为请求损害赔偿,而被告只有举出反证证明损害与该事实无关时,才能免责。其属于证明方法规范。举证责任倒置是指在环境侵权诉讼中出现的案件事实应当由谁来提供证据加以证明,以及在诉讼结束时,如果环境侵权案件仍然处于真伪不明的状态时,应当由谁来承担败诉或不利的诉讼后果。其属于证明责任规范。虽然在环境侵权诉讼中,这两种证明方法的出发点都是保护受害者、预防环境污染,但是二者的区别也很明显。整体说来,因果关系推定是对证明责任分配的法律要件分类说缺陷之补充,而举证责任倒置是对法律要件分类说的背离。现行法律在环境侵权诉讼中采用的是举证责任倒置制度,但是单一的举证倒置是无法满足日益复杂的环境侵权案件之需要的,并且由于法律对这项制度本身规定的比较模糊,使得这一制度的可操作性不强,导致在司法实践中出现了许多机械化套用和误用之情形,不利于保护原告的合法权益,同时也不利于企业的正常发展。为此,要大胆地采用因果关系推定,积极借鉴国外的盖然性学说、疫学因果说、间接反证说和无因果关系说等理论,在一般的环境侵权诉讼中实行因果关系推定,在特殊的、被告侵权行为严重的环境侵权案件中采用举证责任倒置。把两种证明方法有机的结合起来,充分发挥法官的自由裁量权,以不断的满足日益复杂的环境侵权案件之需要,保证社会的公平与正义。