小鹅瘟病毒PCR检测方法的建立及江淮地区小鹅瘟病毒分子流行病学调查

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1.PCR检测小鹅瘟病毒方-法的建立小鹅瘟是由鹅细小病毒(Goose Parvovirus, GPV)引起的雏鹅或雏番鸭的可传播的败血性疾病。随着水禽养殖业的发展,小鹅瘟对养鹅业造成了严重威胁和损失。本研究根据GeneBank上发布的鹅细小病毒(GPV)标准株B株的全基因组序列,针对GPV的保守基因片段VP3设计了一对引物,建立一种用于检测小鹅瘟病毒的PCR方法。研究结果表明,该方法能够特异地扩增出预期大小约为776bp的片段。通过特异性实验进一步证明,该方法仅能从鹅细小病毒(GPV)中扩增出特异性片段,不能扩增禽白血病病毒(ALV)、禽流感病毒(AIV)、鸭坦布苏病毒(DTMUV)、产蛋下降综合症病毒(EDS76)、鹅致病性大肠杆菌、禽网状内皮组织增生症病毒(REV)、马立克氏病毒(MDV)等病毒核酸。灵敏性实验证明,该方法最小核酸检出量为4.7ng (50μL体系)。应用所建立的特异性PCR方法于临床病料检测,结果显示41份疑似样品检出率100%,而病毒常规分离法分离到GPV32份,阳性率为78.0%。同时应用双夹心ELISA方法检测其中的13份样品,阳性率为100%。本研究结果证明,该PCR方法在临床小鹅瘟诊断中具有很好的应用前景。2.江淮地区小鹅瘟病毒的分子遗传进化分析为了研究小鹅瘟在江淮地区的流行情况,从2012-2013年8月在江苏省扬州大学动物医院采集疑似小鹅瘟病例的肝脏和肠道样本41份,共分离到33株GPV。对其中23株GPV的主要结构基因VP3进行测序,并对其序列、糖基化位点及遗传进化进行分析。结果显示:分离到的不同GPV毒株VP3基因全长均为1605bp,编码的氨基酸长度均为534个,与Genbank上已发表的核苷酸同源性为91.3%-99.9%,氨基酸的同源性为94.1%-99.6%,其中与重庆鸭源小鹅瘟DY株同源性最低;研究发现,GPV的VP3基因可分为两个大的基因亚群,DY株为单一亚群,其它病毒为一个亚群;本研究测得的序列几乎都集中分布在同一小亚群里。所有测定的GPV VP3基因均有5个糖基化位点,比B株缺少505-508位NRTS糖基化位点,比DY株多514-517位NETG糖基化位点,这也许与宿主的特异性有关。3.小鹅瘟病毒全基因序列的测定及遗传进化分析本研究对从常州送检的死亡雏鹅病料中分离到的一株鹅源小鹅瘟病毒(GPV-CZM)和从上海奉贤送检的死亡天鹅病例中分离出的鹅细小病毒(GPV-SHFX120619),进行了全基因进行克隆测序,参照已发表的标准B株的全基因序列进行序列拼接,获得了GPV-SHFX20120619和GPV-CZM的全基因序列。测序结果显示,GPV-CZM全长为5106bp,与欧洲标准B株基因序列全长相同,且同源性为93.1%,与福建疫苗株GDaGPV同源性最高,为98.9%; GPV-SHFX20120619(GenBank登录号:KC478066)基因组全长为5050bp,与标准B株相比出现了基因的缺失,缺失部位在末端重复序列,且同源性为98.2%,但与1982年台湾分离株82-0321基因序列全长相同,缺失部位相同,同源性高达99.7%。
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