鼻咽癌全转录组测序结合单细胞数据挖掘探究环状RNA的作用机制

来源 :福建师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:lilei1984lilei
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
鼻咽癌是一种发生在鼻咽黏膜上皮的恶性肿瘤,常见于鼻咽顶部、侧壁和咽隐窝。根据世界卫生组织的数据,将其划分为三种病理亚型:角化性鳞状细胞癌、非角化性癌和基底样鳞状细胞癌。据国际癌症研究机构统计,2018年全球鼻咽癌新发病例约12.9万例,约占当年确诊癌症总数的0.7%。鼻咽癌发病分布具有明显的区域性特点,主要分布在东非和亚洲地区。我国南部地区如广东、广西、福建等为鼻咽癌高发区,每年发病率为3/10万人。Epstein-Barr病毒(EBV)、宿主遗传和环境因素等是促使鼻咽癌发生发展的主要原因,特别是非角化性癌与EBV的关系最为密切。鼻咽癌的诊断方式包括鼻咽镜活检、EBV抗体滴度检测和核磁共振成像等,其中患者血清中EBV抗体滴度常用于临床诊断和预后评估。目前应对鼻咽癌治疗的主要方式有手术、化疗、放疗以及同步放化疗等。尽管用于治疗鼻咽癌的放疗和化疗已取得一定进展,但约30%的鼻咽癌患者会出现局部复发和远处转移,其疗效仍不理想。如何进一步降低鼻咽癌患者的局部复发和远处转移成为当前鼻咽癌防治的热点与难点。因此,深入探究鼻咽癌发生发展中的关键分子和作用机制,对进一步提高鼻咽癌患者的诊断、治疗及预后评判具有重要意义。随着人类基因组计划的完成和时代的迅速发展,高通量测序在生物医学研究中引起了巨大变革,使得更全面细致的探索人类基因组、转录组和蛋白组学等成为可能。二代测序技术联合多种组学分析影响着生物医学研究的不断发展,也促进了用来充分挖掘、分析癌症数据的生物信息学技术的发展。其中全转录组测序成了研究细胞内RNA变化的重要手段。全转录组测序中包括了m RNA、circ RNA和lnc RNA等信息。近年来,越来越多的证据表明circ RNA可以作为mi RNA的“海绵”发挥作用,调控下游靶基因的表达。基于这种功能,circ RNA在基因表达调控、生理、病理以及人类疾病,特别是肿瘤的发生发展中起着重要的作用。本研究主要通过对鼻咽癌进行全转录组数据测序,同时结合对鼻咽癌单细胞数据挖掘,寻找对鼻咽癌发生发展中的重要基因及circ RNA。首先在数据挖掘过程中对鼻咽癌单细胞数据进行分群,并结合加权共表达网络分析。确定细胞类型与基因模块之间的关系,从而获得其中重要的模块和基因,并同时通过全转录组数据对关键基因进行验证。其次使用CIRCexplorer2、KNIFE和find_circ三种软件寻找可能存在circ RNA,并通过mi Randa预测其可能结合mi RNA,构建ce RNA调控网络。最后,通过对EBV分析发现其RPMS1基因在鼻咽癌组织中显著表达,且能表达多种BART mi RNA,EBV可能通过mi RNA影响上皮细胞向癌细胞转化。对此,本研究深入挖掘BART mi RNA在鼻咽癌中的作用,发现BART mi RNA能与多种转录因子结合,可能通过调控转录因子的表达,进而影响了circ RNA的表达,间接调控了整个ce RNA网络。将以上数据进行整合分析,构建了Virus_mi RNA/Human_TF/human_circ RNA/Human_mi RNA/Human_m RNA信号网络,从ce RNA网络角度阐明了鼻咽癌的发病机制,为鼻咽癌的诊断治疗提供了新思路。
其他文献
小舌唇兰(Platanthera minor)隶属兰科舌唇兰属,为一年生草本植物,产于福建、广东、广西、浙江及台湾等省,生长于山坡草地、林缘或荫湿的岩壁等,但其福建资源的分布现状和分子水平上的遗传多样性研究,尚未见报道。鉴于此,首先对福建省境内小舌唇兰野生资源进行全面调查,在此基础上,利用ITS、mat K和rbc L等三种基因片段对小舌唇兰样品辅助鉴定,进而采用ISSR分子标记技术对福建境内的1
学位
为充分利用建筑空间,环形走廊在高层建筑中应用越来越广泛。一旦发生火灾,作为人员逃生最信赖的安全通道的走廊,同时也是火灾蔓延和烟气弥漫的“死亡陷阱”。在室外风、排烟系统和水喷淋系统影响下,高层建筑环形走廊的烟气蔓延情况会十分复杂。因此,研究高层建筑环形走廊烟气蔓延规律不仅对于人员疏散具有指导意义,亦能对排烟系统和水喷淋系统人为控制提供理论依据,保证人员生命安全以及社会公共财产安全。本文以西安市某高层
学位
为延长路面有效碾压时间,保障超薄罩面的使用寿命,采用低黏高弹改性沥青作为超薄罩面的沥青胶结料。通过沥青常规性能试验、流变性能试验和混合料高低温试验、水稳定性试验、疲劳试验,分析低黏高弹剂对沥青及沥青混合料性能的影响。结果表明,在不影响沥青高温性能的前提下,低黏高弹改性剂能有效提高沥青的低温延度;低黏高弹改性剂A能缓解改性沥青因高温出现的弹性向黏性的快速转变;低黏高弹改性剂的增塑降黏特性使沥青混合料
期刊
<正>江西省联社以“总行级”的层次和视角,从管理制度、舆情监测、行业指导、应对处置、媒体沟通等方面,指导辖内农商银行有效防范应对声誉风险,特别是在精准防控负面舆情、加强声誉风险管理上进行了有益探索声誉风险管理是银行业风险管理体系的重要组成部分。面对复杂多变的经济金融形势和社会化媒体趋势,银行业声誉风险管理和舆情防控的难度日益增加,呈现出“爆点”多、扩散快、传播广等新特征。农商银行点多面广、法人多、
期刊
研究目的:通过RNAseq发现Fosb基因在生发中心B细胞相比较于初始B细胞有着高表达现象,但功能作用尚不清楚。为了进一步探究该基因对淋巴细胞的具体作用机制,本课题计划通过Fosb基因敲除小鼠模型对T、B淋巴细胞的发育及HSC(Hematopoietic stem cells)的分化情况进行初步分析,并通过免疫刺激观察生发中心(germinal center,GC)B细胞以及抗体的形成情况,为更深
学位
十七至十九世纪琉球对外医药交流可分为三部分,即琉球与中国之间、琉球与萨摩之间、琉球与西方传教士之间。这当中有学习引进的一面,也有被动接受的部分,比如围绕琉中、琉萨之间的医药交流则以琉球人积极求教、主动汲取和引进为主。这期间首里王府多次派遣人员来华或赴萨交流学习中医医药知识。而对于琉球与西方之间的交流则明显以被动为主。欧美军舰对琉球的探索和传教士的宣教活动一度给这个东方“小国”带去无端的烦恼,其中一
学位
城市是人类文明的重要载体,千百年来诸多前辈一直在探寻如何构建更加合理宜居的城市空间。而在当今全球迅猛的城市化浪潮下,大规模的城市扩张正在迅速展开。城市新中心的出现成为城市扩张的重要表现及必然趋势。随着近年来我国城市化的快速发展,城市新中心的规划和建设正在如火如荼地进行,用以完善城市的整体功能,增强城市的活力,提高城市的形象。城市新中心建设已经成为当前城市发展的重要战略选择。因此在这种背景下,对于建
学位
以"绿色植物的生长需要水和无机盐"为例,介绍基于核心素养导向下初中生物学课堂教学策略,即通过4个活动层层展开,使学生从两个预实验中感悟实验方法与原则,并应用于探究性实验中,注重培养学生思维深度。
期刊
免疫治疗是继手术疗法、放射疗法以及化学疗法后一种新的治疗癌症的方法,是指通过激活自身免疫系统来识别并杀伤肿瘤细胞。免疫检查点(Immune Checkpoint Molecules)作为一种调节信号系统,在维持免疫系统平衡,防止或抑制免疫过度活化中具有重要作用,在肿瘤生长和发展中,它们通过抑制肿瘤浸润性免疫细胞的活性而发挥突出作用。目前的大多数研究主要集中在通过靶向,例如CTLA-4和PD-1、P
学位
蛋白酶体是大型多亚基蛋白酶复合体,由20S核心颗粒(core particle,CP)和不同种类的调节颗粒(regulatory particle,RP)两部分组成。其中蛋白酶体调节颗粒作为蛋白酶体的重要组成部分之一,参与调控许多重要信号通路的蛋白质降解,在维持细胞稳态中发挥重要作用。目前已陆续解析了三类蛋白酶体调节颗粒及其与20S CP的蛋白酶体复合物结构,这些结构信息为深入了解蛋白酶体的作用机
学位