生物大分子需要通过折叠成正确的三维结构才有可能正常的实现其生物学功能。因此,了解蛋白质的折叠机理对分析和研究生物大分子有重要的意义。其中,打结蛋白质是一类非常特殊的蛋白质,它通过多肽链折叠形成复杂且紧密的3D空间结构。目前,实验中尚不存在条件能完整的观察到打结蛋白质的形成过程。于是,在大型计算机的辅助下,通过分子动力学模拟研究打结蛋白质的折叠过程成为学者们高度关注的问题。本论文以全原子Go模型为主要研究方法,通过对三叶结蛋白质2RH3的分子动力学模拟,得到大量三叶结蛋白质结的展开轨迹,并基于统计分析的方法进行分析和研究。通过RMSD来提取众多三叶结蛋白质展开轨迹中出现概率最大的一条进行分析。对三叶结蛋白质进行Contact Map的处理,采用基于Gromos方法的聚类分析得到在展开过程中,最有可能出现的构象。通过基于TICA的降维分析,得出三叶结蛋白质变化的可能路径,以及展开后的构象性质。结合分子动力学模拟,本论文综合采用基于轨迹,基于构象以及基于分布的三种方法分析蛋白质的展开路径。通过与已有的文献结果对比进行分析,运用分子动力学模拟和统计分析的方法研究三叶结蛋白质的展开行为,是一种可行的方法,并给进一步研究打结蛋白质打下基础。