【摘 要】
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第一部分:高灵敏多重微滴式数字PCR检测SARS-CoV-2目的:RT-qPCR作为SARS-CoV-2核酸检测的金标准,在低病毒载量的样本经常被误诊为假阴性,目前急需更准确、更灵敏的方法。因此本实验拟建立一种多重dd PCR检测并定量SARS-CoV-2的方法。方法:采用基于探针混合和振幅多路复用的多重dd PCR方法,同时检测并定量N1、ORF1ab和RNase-P基因。并对反应条件进行优化如
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第一部分:高灵敏多重微滴式数字PCR检测SARS-CoV-2目的:RT-qPCR作为SARS-CoV-2核酸检测的金标准,在低病毒载量的样本经常被误诊为假阴性,目前急需更准确、更灵敏的方法。因此本实验拟建立一种多重dd PCR检测并定量SARS-CoV-2的方法。方法:采用基于探针混合和振幅多路复用的多重dd PCR方法,同时检测并定量N1、ORF1ab和RNase-P基因。并对反应条件进行优化如:探针浓度,引物浓度,退火温度,延伸时间和循环次数。最后检测其灵敏度、特异性和线性动态范围。结果:本实验成功建立优化并验证了一种三重dd PCR检测SARS-CoV-2的方法,与RT-qPCR相比较其在检测低病毒载量的样本方面具有显著性差异(P<0.05)。dd PCR检测N1、ORF1ab的LOQ分别为2.81、5.75 copies/reaction,LOD分别为1.38、1.58 copies/reaction。结论:研究表明,通过结合探针混合和基于幅度的多路复用,开发多重dd PCR检测方法是可行的,此外dd PCR在检测SARS-CoV-2低病毒载量样本更敏感,可作为RT-qPCR诊断疑似患者的一种补充方法。第二部分:漱咽液样本用于检测SARS-CoV-2目的:快速、准确的检测SARS-CoV-2对于控制当前的COVID-19大流行至关重要。目前RT-qPCR检测鼻咽拭子是检测SARS-CoV-2的金标准,但漱咽液标本可能是一种可行性的替代诊断样本。方法:使用之前建立的多重dd PCR方法检测漱咽液中的SARS-CoV-2,同时对COVID-19患者的鼻拭子、咽拭子、肛拭子以及漱咽液样本的检测效果进行了评估比较。此外,使用0.1%SDS溶液处理聚丙烯容器表面验证其是否会减少对样本核酸的吸附性。结果:本实验成功验证了漱咽液样本中可以检出SARS-CoV-2,其检测效果与鼻拭子相当,明显优于咽拭子和肛拭子。此外经过0.1%SDS溶液处理后的聚丙烯容器表面后会减少对核酸的吸附性,可以提高对低病毒载量样本的检出率。结论:漱咽液样本易于采集、无创且节省个人防护装备,此外,它们可以在患者与医护人员不密切接触的情况下获得,从而降低了医护人员的感染风险。必要时期可以作为替代诊断的样本。第三部分:废水中SARS-CoV-2的检测及其在社区监测中的应用目的:建立废水中检测SARS-CoV-2的方法。废水中监测SARS-CoV-2可作为监测SARS-CoV-2在社区传播的工具,估计无症状和症状感染者的传播,并预测即将到来的疫情。方法:采用负离子膜吸附洗脱技术对污水中的核酸进行浓缩。另外建立并优化多重dd PCR方法对污水样本中的SARS-CoV-2进行检测及定量。结果:本实验建立优化并验证了一种多重dd PCR方法同时检测并定量SARS-CoV-2的N1和E基因以及PMMo V基因。dd PCR检测N1、E基因的线性范围为25-1600 copies/reaction,N1、E基因LOQ分别为6.45、5.25 copies/reaction。N1、E基因的LOD分别为1.58、1.58 copies/reaction。负离子膜吸附洗脱的回收率在10.8%-15.7%。结论:废水中SARS-CoV-2的检测可以作为一种快速、经济和有效的工具,可用于监测废水中SARS-CoV-2的浓度,从而就当前和即将到来的流行病提出预警。
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