伴随十八大以来创新驱动发展战略的提出,国家对科研项目的重视程度提高的同时也加大了科研经费的投入力度。高等学校作为科学研究的中干力量,近几年来科研项目快速增多,科研经费来源逐渐多样化,高校的科研经费管理问题也日益突出。如何通过科研经费内部控制使科研经费更加合理、有效的使用,更好的推动高校科研工作的发展,是本文的重点研究内容。本文首先通过梳理国内外有关科研经费管理和内部控制的研究和发展现状,阐述了高校科研经费管理的基础理论与相关规范;其次,在理论分析的基础上,以Z大学为例进行案例研究,结合内部控制五要素,采用案例分析法、问卷调查法以及实地调研法针对Z大学科研经费管理和内部控制情况从制度的建立情况和执行情况两方面进行现状分析,分析Z大学科研经费内部控制存在的问题及成因,发现Z大学存在科研人员内控意识淡薄、风险评估机制不健全、票据审核未注重相关性、科研资产管理不到位、职能部门间缺乏沟通、票据报销效率较低、全流程监督评价不到位等问题;最后借鉴西方发达国家科研经费管理的相关经验,针对Z大学科研经费内部控制存在的问题,建议Z大学可以从强化科研工作人员的内部控制意识、建立重大风险应对机制、提高预算控制的灵活性、建立健全统一的科研信息平台、建立监督员管理制度、强化科研违纪行为披露以及明确人力补偿及激励机制等几个方面对其科研经费内部控制进行改进。