创新已成为推动区域经济社会发展的不竭动力,它决定着一个地区的竞争能力和发展潜力。2008年10月,安徽省委、省政府全面启动建设合芜蚌自主创新综合试验区,并将实验区的建设提升到“具有安徽特色的自主创新、加速崛起之路”的战略高度。三年以来,试验区紧紧围绕总体目标进行建设,创新科技成果不断涌现,从而加速了试验区的经济发展,同时也带动了整个安徽省经济的发展。客观地评价区域创新绩效是推进创新系统建设的重要环节。因此,对试验区的创新绩效进行评价,为推进试验区的建设以及加速安徽崛起具有重要的指导意义。首先,本文通过对国内外学者关于区域创新系统的研究现状进行总结,主要从区域创新环境、区域创新系统结构及运行机制、区域创新模式、区域创新系统建设,区域创新系统绩效评价等方面进行总结,阐述了区域创新系统的基本概念和相关理论,为课题的开展提供了理论基础。其次,本文对合芜蚌自主创新综合试验区的现状进行了分析,再从区域创新的影响因素入手,根据指标设计的原则及参照现有的研究成果,建立了试验区的创新绩效评价指标体系。为了系统、科学、有效地评价试验区的创新绩效,本文选取了合芜蚌以及安徽省其它地市进行参照比较,运用DEA方法,对其创新绩效进行评价,得出各阶段效率值、规模收益以及松弛变量。结果发现：合肥与芜湖同时达到了规模有效和技术有效,处于最优的规模状态,为DEA有效；蚌埠的创新绩效与合肥和芜湖存在着一定的差距,为非DEA有效,处于规模效益递增阶段；就全省范围来看,以蚌埠为首的全部皖北城市均为非DEA有效,以合肥为首的皖中地区只有六安和安庆这两个城市为非DEA有效,以芜湖为首的皖南地区只有黄山、宣城、铜陵为非DEA有效。最后,根据上述的评价结果,本文对合芜蚌以及安徽省其它地市的创新绩效进行分析,找出创新障碍,并提出提高创新绩效的政策建议。