铝毒是影响华南地区大豆生产的主要因素之一。因此,在对大豆种质资源鉴定的基础上结合测序技术定位耐酸铝QTL及基因,对分子标记辅助育种及转基因育种具有重要的意义。本研究对收集的139份国内外大豆资源进行耐酸铝筛选,并以中黄24×华夏3号重组自交系群体衍生的F₁₁代家系为材料进行耐酸铝表型鉴定,测定主根相对伸长率和根尖铝含量两个指标的表型数据并进行QTL定位,对定位区间内的基因进一步分析,以期获得耐酸铝候选基因。所得结果分述如下:以主根相对伸长率为指标,采用苗期水培法对大豆资源进行耐酸铝评价,发现不同材料对铝的耐性存在基因型差异。主根相对伸长率的变异幅度为28%-113%,平均为65%,整体呈现正态分布。以大豆品种PI416937作为耐性对照,筛选出ZDD16505、福豆3、南豆8号、汾豆98、华夏3号等耐性材料31份,主根相对伸长率在80%以上;筛选出敏感性材料11份,主根相对伸长率40%以下,其中包括两份极敏感材料安徽皖豆16和河南郑196,主根伸长率小于30%。利用中黄24×华夏3号重组自交系群体进行耐酸铝表型鉴定,主根相对伸长率和根尖铝含量两个性状均呈现近正态分布,且两性状间存在极显著负相关;对RAD-seq测序结果采用WinQTLCart软件并结合表型数据进行QTL分析,构建高密度的遗传图谱。利用复合区间作图法在全基因组范围内共检测到5个与耐酸铝相关的QTLs,其中与主根相对伸长率相关的QTL有3个,即qRRE₀4、qRRE₁6和qRRE₁7,可解释表型变异率7.09%-8.52%;采用根尖铝含量表型数据定位到2个QTLs,即qAAC₀4和qAAC₁9,分别解释表型变异率8.98%和7.26%。主根相对伸长率和根尖铝含量的全部表型变异解释率为39.65%。其中,qRRE₀4与qAAC₀4为两性状的共定位位点。通过NCBI和Soybase数据库对定位区间内的基因进行查找,共获得推测的基因66个,进一步采用RT-PCR验证,筛选到耐酸铝差异表达基因15个。结合基因的功能注释以及前人的研究结果,我们筛选到9个差异基因,Glyma.04g218700、Glyma.04g218400、Glyma.04g220600、Glyma.04g217400、Glyma.04g213300、Glyma.04g214000、Glyma.04g216100、Glyma.04g218300和Glyma.16g043300。候选基因编码的蛋白在功能上大多与非生物胁迫相关,推测这些基因可能与大豆耐酸铝胁迫相关。