【摘 要】
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目的:在全球范围内,每年新增239,000名卵巢癌患者,并导致152,000例死亡。在大多数发达国家,它仍然是导致妇科癌症死亡的主要原因。本研究旨在用生物信息学技术筛选和卵巢癌微环境有关的预后候选基因,并将其组成新的生存预测标记物,阐明潜在的分子作用机制。方法:卵巢癌患者的基因表达谱和临床数据可从(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载。ESTIMATE算法用于计算患
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目的:在全球范围内,每年新增239,000名卵巢癌患者,并导致152,000例死亡。在大多数发达国家,它仍然是导致妇科癌症死亡的主要原因。本研究旨在用生物信息学技术筛选和卵巢癌微环境有关的预后候选基因,并将其组成新的生存预测标记物,阐明潜在的分子作用机制。方法:卵巢癌患者的基因表达谱和临床数据可从(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载。ESTIMATE算法用于计算患者的免疫和基质评分。本研究将TCGA数据库中的卵巢癌病例按照其免疫/基质评分分为高分和低分两组,并鉴定了差异表达的基因,这些基因的表达与卵巢癌患者的预后显著相关。功能富集分析和蛋白?蛋白相互作用(PPI)网络对差异表达基因进行分析。GREIA在线分析软件分析卵巢癌患者预后相关的基因在卵巢肿瘤组织和正常卵巢组织的差异,卵巢癌患者预后相关的基因在不同临床分期之间的表达差异。不同临床分期表达差异筛出的基因UBD、MMP9、CXCL11用免疫组织化学(IHC)验证其在卵巢肿瘤组织和正常组织的表达。使用TIMER在线分析软件分析数据库中UBD、MMP9、CXCL11基因表达水平与肿瘤浸润B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞,树突状细胞之间的相关性。将469名患者按照TCGA数据库提供的UBD/MMP9/CXCL11表达水平各自分为高表达和低表达两组。高表达赋值+1,低表达赋值-1。每例患者的三个基因赋值求和,得到总赋值以进行新的预后评分。接下来将469名患者以中位数为界,重新分为高评分和低评分两组,分析高生存评分和低生存评分两组与总生存期的关系。最后利用TCGA数据库中另379名卵巢癌患者的RNAseq表达数据队列进行验证。结果:免疫评分和基质评分与卵巢癌的静脉浸润、淋巴管浸润及总生存率相关。基于免疫评分的比较,高评分组与低评分组相比上调442个基因,而下调45个基因,基质评分组中,高评分组与低评分组相比较中有422个基因被上调,而21个基因被下调,被上调的免疫评分与基质评分基因共有283个重合基因。283个基因功能富集分析结果显示生物过程主要分布在免疫反应、炎症反应,细胞成分主要分布在细胞外空间、细胞外区域,分子功能主要是MHC II类受体活性、趋化因子受体活性。在283个差异基因中,41个基因绘制了Kaplan-Meier生存曲线,经log-rank检验P<0.05,显示与总生存期相关。16个预后基因通过在线Kaplan-Meier卵巢癌队列中得到验证。UBD、MMP9和CXCL11表达水平与卵巢癌患者的临床分期呈负相关和肿瘤浸润B细胞、CD8+T细胞、CD4+T细胞、树突细胞成正相关。UBD、MMP9和CXCL11组成新的生存评分预测整体生存期,高预后评分的卵巢癌患者生存期明显长于低预后评分的卵巢癌患者。结论:本研究鉴定了16个与卵巢癌的肿瘤微环境及预后相关的基因,在此基础上进一步筛选出UBD、MMP9和CXCL11三个基因,其表达与卵巢癌生存评分,肿瘤进展,免疫浸润相关,有望为卵巢癌生物标志物和治疗靶标。
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