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通过对云南四个不同烟草产区的烟草进行品质鉴定，结合当地的生态环境状况，选取了每个烟草产区的最适宜耕作地块和较适宜耕作地块的土壤进行分析。研究发现优质的烟草耕作土壤具有较高的过氧化氢酶活。有机质含量在3%即可满足烟草生长。
通过速效钾在整个生育期的非根际土和根际土的变化情况分析，发现烟草伸根期主要对速效钾起到富集作用，烟草旺长期主要对速效钾起到吸收作用。整个生育期中土壤脲酶和多酚氧化酶没有变化，而土壤蔗糖酶和过氧化氢酶活性降低。土壤理化指标相关性中，总氮、有机质和多酚氧化酶具有比较好的一致性。土壤蔗糖酶，过氧化氢酶和硝酸还原酶具有比较好的一致性。酸性磷酸酶和速效磷具有负相关性。
在烟草对土壤微量元素的利用中，发现伸根期对S元素的富集和吸收最为明显，旺长期对B、Cu、Fe元素的富集和吸收最为明显，成熟期对Mn、Zn、Ca、Se的富集较为明显。
通过对土壤细菌多样性分析发现每个地区最适宜种植烟草土壤的细菌shannon多样性指数较高，sobs指数较高。最适宜植烟地块的细菌种类和较适宜地区的细菌种类不构成包含关系，每个地区的最适宜植烟地块的特有细菌种类比较适宜区高，通过β多样性分析发现土壤壤质类型和不同的土壤理化性质都能造成细菌群落产生较大的差异。
通过对细菌种类和土壤理化指标相关性分析发现Gaiellales、Acidobacteriaceae、Bryobacter、JG30-KF-AS9、Bradyrhizobium、Planctomycetaceae、Acidothermus、DA111细菌形成的群落结构会降低土壤过氧化氢酶和多酚氧化酶，也会造成土壤中速效钾、总氮缺乏。维持土壤中较高数量的Elev-16S-1332、Anaerolineaceae、Nocardioides、Streptomyces、Gemmatimonadaceae细菌群落结构有利于土壤多酚氧化酶和过氧化氢酶的活性升高，同时降低了脲酶酶活，这便于氮肥缓慢释放。
真菌的种类在每个植烟地区的最适宜土壤和较适宜土壤占有的共同OTU(Operational Taxonomic Units)种类较多，差别较小，同时优势真菌在不同植烟地区的最适土壤和较适宜土壤的丰度和种类差别都较小。烟草病原真菌种类和数量是区分适宜烟草耕作的标准。
在烟草地块经过种植之后，最适宜地块的特定细菌群落结构表现出了良好的抗性，比较好的具有抗性的功能微生物群落有Acidobacteria、Anaerolineaceae、Solirubrobacter、Nocardioides、Streptomyces、KD4-96、Acidobacteria、Nitrospira、Gaiellales和Gaiella细菌组成的群落结构，以及SC-I-84、C0119、Gaiellales、Acidobacteria、Solirubrobacter、TK10、Nocardioides、Nitrospira、Gemmatimonadaceae、JG30-KF-CM45、Tepidisphaeraceae、Nitrosomonadaceae、Pseudarthrobacter、Anaerolineaceae和Roseiflexus组成的群落结构组成的群落结构。
在烟草种植生育期内，会造成细菌种类减少或丰度下降的状况。细菌的下降较多的优势种类主要是Acidobacteria、Acidothermus、Candidatus-Solibacter、Gemmatimonadaceae组成的群落结构；以及Streptomyces、Nitrospira、ABS-19、Gemmatimonadaceae、Nitrosomaonadaceae、Solirubrobacter组成的群落结构。在整个生育期中，发现和烟草病害相关的细菌种类较少，和烟草相关的真菌种类主要有Cladosporiumsp.和Fusariumsp.属的真菌，它们均大量存在于每个地区的非根际土和根际土中。
通过速效钾在整个生育期的非根际土和根际土的变化情况分析，发现烟草伸根期主要对速效钾起到富集作用，烟草旺长期主要对速效钾起到吸收作用。整个生育期中土壤脲酶和多酚氧化酶没有变化，而土壤蔗糖酶和过氧化氢酶活性降低。土壤理化指标相关性中，总氮、有机质和多酚氧化酶具有比较好的一致性。土壤蔗糖酶，过氧化氢酶和硝酸还原酶具有比较好的一致性。酸性磷酸酶和速效磷具有负相关性。
在烟草对土壤微量元素的利用中，发现伸根期对S元素的富集和吸收最为明显，旺长期对B、Cu、Fe元素的富集和吸收最为明显，成熟期对Mn、Zn、Ca、Se的富集较为明显。
通过对土壤细菌多样性分析发现每个地区最适宜种植烟草土壤的细菌shannon多样性指数较高，sobs指数较高。最适宜植烟地块的细菌种类和较适宜地区的细菌种类不构成包含关系，每个地区的最适宜植烟地块的特有细菌种类比较适宜区高，通过β多样性分析发现土壤壤质类型和不同的土壤理化性质都能造成细菌群落产生较大的差异。
通过对细菌种类和土壤理化指标相关性分析发现Gaiellales、Acidobacteriaceae、Bryobacter、JG30-KF-AS9、Bradyrhizobium、Planctomycetaceae、Acidothermus、DA111细菌形成的群落结构会降低土壤过氧化氢酶和多酚氧化酶，也会造成土壤中速效钾、总氮缺乏。维持土壤中较高数量的Elev-16S-1332、Anaerolineaceae、Nocardioides、Streptomyces、Gemmatimonadaceae细菌群落结构有利于土壤多酚氧化酶和过氧化氢酶的活性升高，同时降低了脲酶酶活，这便于氮肥缓慢释放。
真菌的种类在每个植烟地区的最适宜土壤和较适宜土壤占有的共同OTU(Operational Taxonomic Units)种类较多，差别较小，同时优势真菌在不同植烟地区的最适土壤和较适宜土壤的丰度和种类差别都较小。烟草病原真菌种类和数量是区分适宜烟草耕作的标准。
在烟草地块经过种植之后，最适宜地块的特定细菌群落结构表现出了良好的抗性，比较好的具有抗性的功能微生物群落有Acidobacteria、Anaerolineaceae、Solirubrobacter、Nocardioides、Streptomyces、KD4-96、Acidobacteria、Nitrospira、Gaiellales和Gaiella细菌组成的群落结构，以及SC-I-84、C0119、Gaiellales、Acidobacteria、Solirubrobacter、TK10、Nocardioides、Nitrospira、Gemmatimonadaceae、JG30-KF-CM45、Tepidisphaeraceae、Nitrosomonadaceae、Pseudarthrobacter、Anaerolineaceae和Roseiflexus组成的群落结构组成的群落结构。
在烟草种植生育期内，会造成细菌种类减少或丰度下降的状况。细菌的下降较多的优势种类主要是Acidobacteria、Acidothermus、Candidatus-Solibacter、Gemmatimonadaceae组成的群落结构；以及Streptomyces、Nitrospira、ABS-19、Gemmatimonadaceae、Nitrosomaonadaceae、Solirubrobacter组成的群落结构。在整个生育期中，发现和烟草病害相关的细菌种类较少，和烟草相关的真菌种类主要有Cladosporiumsp.和Fusariumsp.属的真菌，它们均大量存在于每个地区的非根际土和根际土中。