前列腺癌(Prostate Cancer,PCa)是一种严重威胁男性健康的恶性肿瘤。目前,针对前列腺癌的研究主要是通过细胞系以及模式生物(如小鼠)展开,但这类实验模型并不能准确地模拟前列腺癌发生发展的全部过程。本文研究了前列腺癌标本模型、细胞系模型和小鼠模型在不同条件下的差异,以期为前列腺癌实验研究中模型的选择提供依据,从而推动实验结果的临床转化。本文从GEO数据库中收集了三种模型的基因芯片mRNA数据,在R软件中用RMA、gcRMA和MAS5三种方法对原始数据进行预处理,并通过信号强度分布图和箱线图选择预处理效果较好的结果分别用t检验、经验贝叶斯和方差分析方法筛选差异表达基因。为了降低结果的假阳性率,我们选择了三种算法条件下都具有显著差异表达(p-value≤0.05)的基因进行基因本体论、KEGG信号通路和IPA生物通路分析。结果表明标本模型和转基因小鼠模型的差异表达基因涉及了肿瘤微环境中的成分,如细胞外基质、免疫系统等,异种移植小鼠模型的差异表达基因只涉及了肿瘤微环境中非免疫相关的成分,如细胞脂质代谢、突触后密集区等,而细胞系模型的差异表达基因主要涉及的是细胞内的成分和活动,如细胞器、内质网蛋白加工等,我们对这些差异进行了文献验证和讨论。本文的研究结果表明,在研究细胞外基质、血管生成、肿瘤坏死因子和神经细胞等对肿瘤的影响时可用标本模型,在研究细胞脂质代谢、突触后密集区和免疫系统等对肿瘤的影响时可用小鼠模型,在研究细胞内成分和活动如细胞器、内质网蛋白加工和代谢通路等对肿瘤的影响时可用细胞系模型。