自中央出台了“三权分置”政策之后,我国农村正在有条不紊的开展土地改革实践。农村土地承包经营权将实现承包权和土地经营权的分置,农民单独以土地经营权入股农地股公司而取得股东地位并享受收益共担风险。然而根据我国各地土地承包经营权入股公司的实践经验,在农地股公司设立阶段、存续阶段和公司清算阶段都存在侵害农民股东权益的不同情形。在农地股公司设立阶段,往往出现违背农民意志强迫入股(违反了民事自愿原则)、土地经营权价值评估偏低的情形(当前尚未建立起土地经营权价值评估机构和完善的市场体系);在农地股公司存续期间,可能出现控股(或重要)股东利用优势地位侵害农民股东表决权、知情权、利润分配权等权益以及存在农民股东退出机制不健全(农民股东出资的土地经营权的政策保障性与公司责任财产制度冲突)的问题;在农地股公司清算阶段,农民股东极有可能因公司责任财产制和对债权人偿还债务而丧失土地经营权,进而丧失土地对其的生存保障的条件。因此,本文在总结我国前期农地入股、农民股东权益保护的实践经验和分析农民股东权益受损的立法司法原因的基础上,提出在农地股公司设立阶段落实民法基本原则——自愿原则、建立土地经营权价值评估体系和完善的市场体系;提出在农地股公司存续期间增强农民股东表决权(增加重要事项在获得股东表决权半数以上通过时也必须获得农民股东表决权半数以上通过的建议,特殊事项在获得股东表决权三分之二以上通过时也必须获得农民股东表决权三分之二以上通过的建议)、保障农民股东知情权(扩大农民股东查阅财务会计账簿的权利)、建立健全农民监事制度、完善股东利润分配制度(建立“固定分红+利润分配”制度)、健全农民股东退出机制等具体方案;提出在农地股公司清算期间以“回购+入股保险”制度来保障土地经营权存留在农民手中并发挥其社会保障作用。