基础研究是整个科学体系的源头,是实现科技自立自强的必然要求。2022年1月1日颁布的《科学技术进步法》强调基础研究是我国一项战略需求,明确了基础研究的科技创新先导作用。同时,把企业视为基础研究的一个重要主体,鼓励企业发挥主体优势,加强基础研究,推动原始创新。然而现状是虽然企业已成为我国研发投入主体,但企业对基础研究活动的投资水平仍然偏低。长期以来,研发经费投入的不断增加却并未获得预期原始创新能力的增长,这可能就是因为经费配置不合理,存在企业基础研究经费错配问题。因此,本文对企业基础研究经费错配问题展开了研究。本文的主要研究内容有:（1）根据《中国科技统计年鉴》相关数据,对我国企业基础研究经费投入现状展开分析。（2）选取合理指标,通过HK模型实证分析我国企业基础研究经费错配问题。（3）从企业、政府、市场三个主体选取影响我国企业基础研究经费投入的因素,理清影响企业基础研究经费投入因素间的逻辑关系。根据实证结果,提出针对性建议促使企业加强基础研究经费投入,解决企业基础研究经费错配问题。本文的研究结论如下:（1）我国企业基础研究经费投入比例太低。从企业基础研究经费投入规模分析,2011年—2020年我国企业基础研究经费投入规模总体呈上涨态势;但是,从企业基础研究经费投入结构分析,企业对基础研究活动的经费投资占比低,与主要创新型国家企业投入情况相比也存在较大差距。（2）我国企业存在着严重的基础研究经费错配问题。基于HK模型实证分析我国企业基础研究经费错配问题,测算结果显示:2011年—2020年企业基础研究经费错配指数的结果都远远小于1,我国企业基础研究经费投入严重不足。（3）影响我国企业基础研究经费投入的因素作用路径复杂,犹如多米诺骨牌。实证结果显示,影响我国企业基础研究经费投入的最关键因素是企业国家重点实验室数量、营业利润率、金融机构贷款余额。因此,建议为提高企业国家重点实验室数量提供人才支撑,为企业盈利可持续提升营造良好的营商环境,为银行加强信贷投放制定专项引导政策来改善我国企业基础研究经费投入不足的现状,激励企业加强基础研究经费投入,从而有效解决我国企业基础研究经费错配问题。