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本论文的研究包括两部分内容，分别阐述如下：（1）雷帕霉素产生菌吸水链霉菌NRRL5491接合转移系统的建立雷帕霉素是吸水链霉菌NRRL5491产生的次级代谢产物，具有抗真菌、抗肿瘤及免疫抑制作用。本研究对标准的链霉菌接合转移方法进行优化建立起适用于吸水链霉菌NRRL5491的接合转移系统。40℃温浴20min为孢子的最佳热激处理条件；整合型质粒pSET152的接合转移效率是穿梭型质粒pOJ446的3～6倍；当阿泊拉霉素覆盖浓度为1μg／mL时，pSET152的接合转移效率是50μg／mL时的4.6倍，而pOJ446接合转移效率相应提高了2.4倍；MS培养基上接合转移效率是SY琼脂培养基上的3.4倍。采用最适优化条件时，接合转移效率可达到2×10-6，足够用于基因置换等遗传操作。（2）新型抗生素高产育种体系在提高雷帕霉素产量上的应用报告基因辅助的微生物高产育种体系是本实验室建立的一种新型抗生素高产育种体系。该体系已在阿维链霉菌和棒状链霉菌中进行尝试，表明它在提高阿维菌素和克拉维酸（棒酸）产量上是可行的。本研究尝试将该育种体系运用到吸水链霉菌选育上，希望提高雷帕霉素的产量。首先将neo报告基因盒分别标记到雷帕霉素合成基因簇的调节基因ORFU及结构基因rapB上，得到基因标记的载体pHL625和pHL626。将标记质粒通过接合转移导入到吸水链霉菌NRRL5491中，得到在ORFU基因上标记的菌株YM4。用NTG对标记菌株进行诱变后，筛选卡那霉素高抗性菌株，经HPLC分析，得到了3株诱变子的雷帕霉素产量较出发菌株有提高。证明报告基因辅助的微生物高产育种体系在雷帕霉素高产菌株的选育上具备可行性。到目前为止，仍未得到rapB基因的标记菌株，推测其原因可能是由于标记质粒pHL626的结构不合适，如用于同源交换的双臂仍然过短等。