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国兰是兰科(Orchidaceae)兰属(Cymbidium)植物中的小型花地生兰，具有极高的观赏价值和文化价值。传统意义上的国兰主要包括7个种系：即春兰系(SeriesGoeringii)、春剑系(Series Longibractium)、蕙兰系(Series Faberi)、建兰系(SeriesEnsifolium)、寒兰系(Series Kanran)、墨兰系(Series Sinense)和莲瓣兰系(SeriesLianpan)，另有一些杂交种，已被命名的国兰品种已经多达到3000个以上。目前对国兰种质的研究仍主要集中于品种分类及遗传育种方面，国内外关于国兰分子生物学方面的研究报道较少，在DNA水平上的遗传多样性及品种鉴定研究虽有报道但方法单一而缺乏系统性，品种覆盖范围也不够广泛。本研究收集了涵盖7个种系的国兰种质样本139份，运用SRAP及ITS+trnH-psbA序列测定两种分子标记方法，对其开展了遗传多样性及品种分子鉴定的研究，主要结果如下：1.以改进的CTAB法提取国兰基因组DNA，获得的DNA可满足SRAP分析及nrDNAITS和cpDNA psbA-trnH序列测定的要求。2.采用正交设计方案优化并建立了适合国兰SRAP-PCR反应的最佳体系为：25μL体系中含10×PCR buffer2.5μL、50ng模板DNA(2μl)、Mg2+2.5mmol·L-1(2.5μl)、dNTPs0.25mmol·L-1(1.56μl)、引物0.3μmol·L-1(0.75μl)、TaqDNA聚合酶1U(0.25μl)、ddH2O15.44μl。3.从208对SRAP引物中筛选出17对多态性好且重复性高的引物，对供试材料进行PCR扩增，共扩增出DNA条带489条，其中多态性谱带484条，多态性比率(PPB)为98.89%；遗传相似性系数变化范围为0.59-0.91，观测等位基因数(Na)平均值为2.0000，多态性信息含量(PIC)平均值为0.9376，每个位点的有效等位基因数(Ne)平均值为1.4917，Nei’s基因多样多样性指数(H)平均值为0.2968，Shannon信息指数(I)平均值为0.4548，说明供试国兰种质具有丰富的遗传多样性；通过17对核心引物组合48条谱带构建139份国兰种质资源的分子身份证，置信概率达到99.99%。4.国兰ITS目的序列核苷酸变化范围为672bp-729bp，平均GC含量为65.62%，平均变异位点72.2%，非变异位点54.4%，简约化信息位点21.1%。根据比对结果，国兰不同种系间存在明显的AG、CT碱基颠换和部分碱基缺失；国兰psbA-trnH序列长度变化范围为804bp-905bp，平均GC含量为35.7%，平均变异位点占29.2%，非变异位点占70.3%，简约化信息为点占6.1%。变异程度上ITS>psbA-trnH。5.对国兰种质遗传多样性及分子鉴定研究所用方法的优势排序为：SRAP>psbA-trnH+ITS>ITS>psbA-trnH。七大种系中，春剑系与莲瓣兰系的亲缘关系较与其它种系近，而建兰系与墨兰系亲缘关系较近；寒兰系种质遗传背景相对复杂。SRAP标记对国兰种质鉴定、谱系梳理及遗传关系的分析等是一种有效的方法，而ITS和psbA-trnH序列分析对国兰种质的鉴定在种的水平有一定意义，但对品种鉴定力有限。