转基因食品的安全问题一直为人们所关注,针对与食品链关系密切的重要转基因作物,分析其加工过程中的各个环节并进行跟踪溯源研究,建立起我国食品链中转基因大豆的溯源与污染评估体系,为我国的转基因产品的标识、监管、保护消费者知情权提供重要科学依据与研究基础。本研究以转基因大豆及其发酵制品为主要研究对象,通过比较发现运用试剂盒法提取相关产品的基因组,采用定性PCR法检测样品的内、外源基因片段,确定普通腐乳和臭豆腐中含有转基因成分。通过运用不同引物对样品进行PCR检测,发现采用检测200 bp的片段并且同时检测Lectin,35S、NOS和EPSPS基因4个基因的方法,结果比较可靠,假阴性出现的概率大大降低,建立了比较可靠的检测转基因大豆发酵制品的方法体系。并运用少孢根霉(Rhizopus oligosporus)和纳豆芽孢杆菌(Bacillus subtils natto)模拟发酵过程,研究在发酵过程中,转基因大豆内、外源基因的变化规律并初步研究其与微生物相关酶活性的关系。结果表明内、外源基因在经过高温处理后降解较严重,发酵作用对内、外基因的降解不太明显,只有持续较长的时间才会发生降解。发酵过程中转基因成分相对含量的变化规律则是：大豆经过蒸煮后转基因成分相对含量有所降低,在发酵过程开始后,转基因成分相对含量逐步升高并在第二天达到最高,之后再逐步降低。发酵过程中相关的核酸酶、脂肪酶和蛋白酶的活性在大豆经过高温蒸煮后失去活性,在发酵开始后,随着微生物的生长,活性逐步升高,其中核酸酶、脂肪酶的活性在发酵的第二天活性达到最高,蛋白酶的活性在发酵的第三天达到最高,之后活性开始降低并始终保持在一个相对较高的水平。